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pacbio测序
15.
PacBio测序
答:
PacBio
SMRT技术以SMRT芯片为
测序
载体,应用边合成边测序的思想进行测序,最大的特点就是单分子测序,测序过程无需进行PCR扩增。 测序用的4种碱基分别被4色荧光标记,当DNA聚合酶和模板结合后,在碱基配对阶段,不同碱基的加入会发出不同光,根据光的波长与峰值可判断进入的碱基类型。这个 DNA 聚合酶是实现超长读长的关...
比较illumina测序和
pacbio测序
的不同
答:
Illumina测序和
PacBio测序
在测序技术、读长、准确性、通量和成本等方面有所不同。首先,两种测序技术的方法不同。Illumina测序使用边合成边测序的方法,通过在芯片上固定DNA片段,然后通过桥式PCR扩增,再进行边合成边测序。而PacBio测序则采用单分子实时(SMRT)测序技术,通过捕捉单个DNA聚合酶复合物在零模...
PacBio测序
相关知识
答:
1,
PacBio
可以直接测碱基被修饰的状态。如遇见甲基化的碱基,合成速度会放慢,光谱特征会改变。2,建库过程无需PCR,由于PCR过程中AT碱基比GC碱基复制速度快,会导致最终AT的含量比较高,影响测序质量。GC bias少。3,测序速度快:测序速度取决于酶反应速度,一秒3个碱基。
如何根据基因
测序
分析结果找通路
答:
PacBio测序
原理 采用边合成边测序的方式,以其中一条DNA链为模板,通过DNA聚合酶合成另外一条链,进一步将荧光信号转变为碱基信号。同时PacBio已升级了CCS测序模式以获得长读长的高保真(HiFi)15 kb reads,由此提升基因组组装的准确性。图2 三代PacBio测序原理 Nanopore测序原理 当单链DNA分子穿过纳米孔...
No.1 第三代测序单分子荧光测序之
Pacbio 测序
原理
答:
Pacbio
的GC bias很小。例如,在PCR过程中,如果模板的GC含量比较高,那么PCR的效率就会比较低。反之,AT含量高,PCR的效率就会高,而传统的建库过程中,PCR的过程比较多,导致的结果就是GC含量高的reads数就会比较差。而Pacbio不是传统的建库方法,其GC bias明显小于PCR建库的illumina或Ion Torrent的
测
...
如何理解
PacBio
的准确度
答:
如何理解
PacBio
的准确度第三代
测序
中的PacBio单分子实时(Single Molecule Real-Time, SMRT)DNA测序可以实现超过99.999%(QV50)的高度精确测序,且不受DNA序列中GC和AT含量的影响,平均读长可达10-15kb(最长>40kb),这是如何实现的呢?这是因为SMRT技术在与DNA测序精确度相关的三个方面均有独到之处:1. Consensus acc...
Pacbio测序
(一)
答:
pacbio建库流程如下:DNA链铆钉在即零模波导孔底部,和模板互补的dNTP被聚合酶抓住,短暂的结合,被激光照射,发出荧光,荧光转化为碱基信号;链继续延伸,结合的dNTP的荧光基团脱落,完成了一个小循环,反应反复进行。
pacbio测序
的应用范围:(1)全基因组de novo测序 (2)全长转录本测序 (3)宏基因...
pacbio
的
测序
数据是长序列还是段序列
答:
pacbio
是三代
测序
,是长序列可以测到kb级别的
如何理解
PacBio
的准确度
答:
第三代
测序
中的
PacBio
单分子实时(Single Molecule Real-Time, SMRT)DNA测序可以实现超过99.999%(QV50)的高度精确测序,且不受DNA序列中GC和AT含量的影响,平均读长可达10-15kb(最长;40kb),这是如何实现的呢?这是因为SMRT技术在与DNA测序精确度相关的三个方面均有独到之处:Consensus accuracy...
第三代
测序
成本偏高是什么原因导致的?
答:
回答:我认为许多人错误的认为三代
测序PacBio
的危害是,通量不足。如果通量不是一个限制因素,PacBio是目前最准确的方法:测序错误率可以无限接近的罕见突变的发生率(即,它是不可能区分排序错误或罕见的突变)。因为三代错误完全是随机的,可以通过覆盖率来校正,如果系统出错,就无法纠正。 目前,改善三代通量的...
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