发票超过三个月没有关系的，现在发票的认证已经是没有期限的要求了。
增值税发票认证期限已经不再有限制，具体内容如下：
1、增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。也就是说，不受360日认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限的要求。
2、增值税一般纳税人取得2016年12月31日及以前开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票，超过认证确认、稽核比对、申报抵扣期限，但符合规定条件的，仍可按相关规定，继续抵扣进项税额。
《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）。