qpcr数据分析及作图方法

Question

如题所述

Answer 1

qPCR数据处理方法为△△Ct法原理

【△△Ct法原理】其特点是只依靠Ct值来计算结果，因此跑完qPCR之后的结果中除了Ct值外，其他数据几乎在后续分析和计算中是用不到的。但前提是目的基因和内参基因的扩增效率应基本一致。

1、先来了解一下什么是Ct值？

阈值循环数Thresholdcycle(Ct)也写作Cq值，荧光信号达到荧光阈值时PCR循环数。仪器软件通常将第3-15个循环的荧光值设为基线（baseline）。阈值（threshold）一般是基线的标准偏差的10倍。模板的Ct值与该模板的起始拷贝数的对数存在一定线性关系,起始模板量浓度越高，Ct值越小；起始模板量浓度越低，Ct值越大。PCR循环在到达Ct值所在的循环数时，刚刚进入真正的指数扩增期（对数期），此时微小误差尚未放大，Ct值的重现性较好，即相同含量的初始模板，得到的Ct值是相对稳定的。

Answer 2

GPCR（Gene Expression Network Analysis，基因表达网络分析）是一种分析基因表达数据的方法，可以帮助研究者深入了解基因之间的相互作用。通过GPCR分析，研究者可以找到潜在的共表达基因以及它们所处的通路。在此基础上，可以进一步对数据进行可视化以加深理解。以下是一些常用的GPCR数据分析及作图方法：
1.基本GPCR分析：通过RNA测序（RNA-seq）或DNA测序（DNA-seq）获得原始数据，然后进行基本的GPCR分析。基本的GPCR分析包括基因表达差异、P值检验、差异表达分析和通路富集分析等步骤。这些方法可以帮助研究者了解样本之间和样本与对照组之间的差异，以及潜在的共表达基因和通路。
2.生物信息学方法：利用生物信息学方法对GPCR结果进行进一步处理和可视化。例如，通过Cufflinks、DESeq2和Signac等软件包对数据进行质量控制、比较和分选；使用火山图、热图和柱状图等方法对结果进行可视化。
3.单细胞RNA测序（scRNA-seq）：对于单细胞RNA测序获得的原始数据，可以使用基本的GPCR分析方法进行分析