海关专用缴款书不需要认证的，只需要在软件上采集就好了，具体的采集、申报抵扣办法如下：
1、增值税一般纳税人进口货物，应凭取得的海关进口增值税专用缴款书依票面列明的增值税额申报抵扣。并应当在开具之日起180天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额。
2、海关完税凭证不需要认证，应使用通用税务采集软件进行采集（该软件由主管税务机关免费提供给纳税人使用）。采集完毕后，从软件内打印出《海关完税凭证抵扣清单》，并导出电子数据至软盘。
在进行增值税纳税申报时，纳税人除报送《海关完税凭证抵扣清单》纸质资料外，还需同时报送载有《海关完税凭证抵扣清单》电子数据的软盘（或其它存储介质），随同纳税申报表一起报送给税务机关。
根据现行政策规定，增值税一般纳税人（以下简称纳税人）真实进口货物，从海关取得海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书），可以按照规定抵扣增值税税款。海关缴款书实行“先比对后抵扣”管理办法，对稽核比对结果相符的，纳税人方可申报抵扣。
扩展资料：
一、凭证条件
税法规定的扣税凭证有：增值税专用发票，海关完税凭证，免税农产品的收购发票或销售发票，货物运输业统一发票（或者部分实施“营改增”地区的运输业增值税发票）。
另外，根据财税[2012]15号通知，自2011年12月1日起，增值税纳税人购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费(以下称二项费用)可在增值税应纳税额中全额抵减。因此，取得购入增值税税控系统增值税专用发票以及税控软件维护费的地税发票也可以抵扣。
二、时间条件
一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票以及其他需要认证抵扣的发票，必须自该专用发票开具之日起180日内认证，否则，不予抵扣进项税额。
进口货物：一般纳税人取得海关完税凭证，应当在开具之日起90日内后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额；
一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关收款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》申请稽核比对，实行“先比对后抵扣”。纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍按原规定执行。
小规模纳税人不允许抵扣。
参考资料来源：百度百科-增值税抵扣