1)报关送货问题：保税区先送货后报关；保税物流园区先报关后送货，可赢得相对充裕的备货时间。
2)退税时间问题：保税区是“离境退税”；保税物流园区则是“入园退税”，缩短时间，提前退税保税区与物流园区本没有太大的区别,但有两个较大的区别的地方:
一是物流园区实行入区退税,即货物入园区就可以在海关打印退税联; 而在保税区则是实行离境退税,即货物要实际离境后,才能打印退税联,常见的就是福田保税区的"兜圈"动作,就是货物入了保税区仓库后,利用中港车到香港兜一圈.
二是物流园区进出货物品名及商品编码必须一致; 而福田保税区特有功能就是可以改换商品编码,由于两个企业备案的商品编码可能不一样,所以在转厂的时候,常利用福田保税区来操作.
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