区内多年平均水资源总量为17411万立方米（扣除重复计算量）。其中，白沙河区域（崂山水库上游）为3216万立方米，占水资源总量的18.5%；崂山东部区域为2469万立方米，占14.2%；汉河区域为2000万立方米，占11.5%。人均年占有水资源量750立方米，高于青岛市、山东省人均年占有水资源量，但仅仅是全国人均年占有水资源量的30%，水资源匮乏。
地表水资源区内地表水多年平均径流量14723万立方米，平均径流深为378.2毫米。径流量的年际变化大，1964年径流量最大，为38881万立方米，1977年径流量最小，为1817万立方米，相差21倍。
地下水资源全区地下水资源量为6625.7万立方米（扣除重复计算量）。 崂山区素有“山东植物王国”之称。《崂山植物志》载，已查明的有2838种。其中，真菌资源70种，动物资源1346种，植物资源1422种。
真菌资源
区内已查明有野生真菌40多种，药用真菌30多种。其中，较名贵的有灵芝、蛹虫草、猴头菌、香菇、金针菇、毛木耳等。2004年5月，有人曾在崂山密林深处采得一株直径23厘米的蘑菇和一棵直径34厘米、重约1公斤的灵芝。
植物资源
维管植物资源占山东省维管植物总种数的58.8%，有1422种，8亚种，114变种，5变型，13栽培变种，隶属160科，734属。其中，蕨类植物18科，30属，50种，2变种；裸子植物8科，25属，51种，2变种，8栽培变种；被子植物134科，679属，1321种，8亚种，110变种，5变型，5栽培变种。
野生维管植物资源有123科，478属，1002种（含亚种及变种，以下同），其中木本植物225种，草本植物777种，以被子植物为主。含10种以上的科有23个。占崂山种子植物总科数的21.5%，所含的属和种数分别占总属数和总种数的65.7%和69.8%，为崂山植物区系的主要组成者。含5种以上的属有37个。这些属只占崂山种子植物总属数的8%，但所含种数占总种数的29.3%。
药用植物资源有173个科近1100种，列山东省第一位。
动物资源
1984年，调查得知有36种兽类，隶属5目12科27属，占山东省总种数的90%。鸟类344种，隶属于19目53科154属，占山东省鸟类总种数的84.73%。森林生态系统，成为许多珍稀鸟类的“中转站”、越冬地和繁殖地，是鸟类的“天堂”。属国家I级重点保护鸟类有10种；Ⅱ级重点保护鸟类有54种。
海洋生物资源
区内海域共鉴定出浮游植物135种，分别隶属于硅藻门、甲藻门、蓝藻门，以硅藻门种类为多。
区内海域共记录浮游动物70多种，分别隶属于腔肠动物门、节肢动物门的桡足类、枝角类、涟虫类、糠虾类、等足类、端足类、十足类和毛颚动物门的箭虫类。此外，还有无脊椎动物体十多种。
海域底栖动物种类达300多种，隶属于腔肠动物门、环节动物门、软体动物门、节肢动物门、腕足动物门、棘皮动物门以及脊素动物门的底栖鱼类等。主要以软体动物、多毛类、棘皮动物和甲壳类为优势类群。
区内海域潮间带生物有400多种，包括无脊椎动物300余种，海藻类近100种。潮间带动物主要隶属于腔肠动物门、环节动物门、软体动物门、节肢动物门、棘皮动物门和脊椎动物门的鱼类。在类群组成上，以软体动物占优势，以经济贝类为主；棘皮动物组成简单，以海胆、海参为优势类群；多毛类和甲壳类多有分布。
区内海域游泳动物约200种。隶属于软体动物门、节肢动物门、脊索动物门的鱼类与海兽类。在类群组成上，鱼类占优势，其次为甲壳动物。
