养殖用地占用林地处理方式为应当办理农用地转用审批手续。
建设占用土地，涉及农用地转为建设用地，应办理农用地转用审批手续，如果建设项目需要占用林地、草地、养殖水面，必须依照法律规定办理农用地转用审批手续，养殖用地的审批流程是先由畜牧主管部门办理项目备案手续，再到国土资源部门办理用地备案手续，经审核同意的予以用地备案，资质证件不齐全的，可依法不准建养殖场。
根据有关规定，养殖类项目属于经营性项目，不能作为公共事业和民生类项目对待，对养殖类等经营性项目使用林地，在林地定额上是从严控制的，因此，对规模化大型养殖类项目建设使用林地，应根据各地实际解决林地定额问题。
【法律依据】
《中华人民共和国土地管理法》
第四十四条建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。
永久基本农田转为建设用地的，由国务院批准。
在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次按照国务院规定由原批准土地利用总体规划的机关或者其授权的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。
在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围外，将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，由国务院或者国务院授权的省、自治区、直辖市人民政府批准。