动物的呼吸大致可分为水生动物的
呼吸系统和陆生动物的呼吸系统。
水中的鱼用鳃呼吸水中氧含量只有空气中氧含量的5％，而且氧在水中的扩散速度更慢一些，所以对于水生动物，它们需要比陆生动物更为有效的呼吸器官。水生动物通常靠鳃呼吸，鳃是水生动物的皮肤向外延伸而成的专门用于气体交换的器官。各种动物鳃的形态并不相同，但有一个共同的特点，就是
表面积很大。例如，淡水鱼的鳃生长在头部两侧的鳃弓上，左右各有四个，每一鳃含有两列鳃丝，每一鳃上各丝由顺序排列的鳃板组成。用鳃呼吸的动物都能自己制造水流，使鳃不断地与新鲜的水流相接触。
鱼的鳃位于咽的两侧，鳃盖关闭时，口张开，水从口流人咽，然后口关闭，鳃盖张开，口腔收缩，压迫水流过鳃，从鳃盖后缘流出。鱼在水中不断地做这种动作，一般人会误认为它们是在不停地喝水，其实它们是在不停地制造水流流过鳃，以进行呼吸。
陆生动物的呼吸系统经历了长期的进化逐步走向了完善。无尾两栖类的肺内壁呈蜂窝状，但肺的表面面积还不大，如蛙肺的表面面积与皮肤表面积的比例是2：3。皮肤呼吸仍占重要地位，蛙在冬眠时肺呼吸完全停止，只用皮肤来进行呼吸。
爬行动物的肺虽然和两栖类一样为囊状，但其内壁有复杂的间隔把内腔分隔成蜂窝状小室，与空气接触的面积大为扩大。肺的结构在不同的动物体内变异很大，最简单的形式仍为一囊，如各种蛇类；
蜥蜴、龟和鳄类的
支气管在肺内一再分支，使整个
肺脏呈海绵状；避役类动物的肺前部内壁呈蜂窝状，称呼吸部，后部内壁平滑并且伸出若干个薄壁的气囊，称贮气部。爬行动物的成体既没有鳃呼吸，也没有皮肤呼吸。
鸟肺为一对海绵状体，肺的内部由各级支气管形成一个彼此吻合相通的网状管道系统，这种结构完全不同于两栖类和
爬行类的空心囊状肺。鸟肺体积虽然不大，但是和气体接触的面积极大，是鸟类特有的高效能气体交换装置。鸟肺的另一特点是有许多气囊，起到辅助呼吸的作用。
哺乳类的肺内部有复杂的支气管树，支气管入肺后，一再分支，在最后微支气管的末端膨大成肺泡囊，囊内壁分成许多小室，每个小室称肺泡。肺泡的出现大大增加了肺和气体接触的总面积。哺乳类肺泡的总面积约为身体表面的50～100倍。