由于上、下运动神经元退化导致的身体肌肉萎缩,患病者最终可能丧失发起和控制一切自主运动的能力,但膀胱、肠道和负责眼球运动的神经一般到病情晚期才会受到影响。
对于大多数患者来说其认知功能并不受影响,但少数(大约5%)仍会出现额颞叶痴呆。大部分患者(30–50%)出现了难以察觉的认知变化,但这一变化经过详细的神经心理学测验检测出来。极少数肌萎缩侧索硬化症患者会同时出现痴呆症、退化性肌肉疾病、退行性骨疾病,这些症状都属于多系统蛋白病综合征的一部分。感觉神经和自主神经系统一般不受影响,也就意味着大多数肌萎缩侧索硬化症患者的听觉、视觉、触觉、嗅觉和味觉都能维持正常。