一、应加强立法及法律责任的研究,注重政府对行政事业单位建立内部控制的推动作用
从西方国家内部控制发展的历史看，除了行政事业单位内部管理自身因素外，政府的推动作用是关键因素。财政部于2001年6月份，发布了《内部会计控制规范—基本规范(试行)》和《内部会计控制规范—货币资金(试行)》，这些规范的发布和实施，对于强化行政事业单位内部监督，整顿和规范社会主义市场经济秩序,都有着十分重要的意义，是我国走向规范内部控制的开端，必将有力的推动行政事业单位内部控制的发展。
二、加强行政事业单位内部控制的内部环境的建设
内部控制的完整性包含两层涵义:一方面是指行政事业单位根据行政管理或经营的需要,应该设置的内部控制都已设置;另一方面是指对生产经营活动的全过程进行自始自终的控制。完整性是内部控制评价一般标准中首要的一条,也是其他一般标准的基础。若内部控制的完整性都达不到,则内部控制的合理性与有效性就无从谈起。
加强行政事业单位内部控制,应规范各部门、各环节、各岗位的职责权限。明确规定处理各种经济业务的职责和程序方法,并对处理各项业务的全过程或重要环节都规定有两个或两个以上的人员分工负责；明确资产记录与保管的分工，内部规定管钱、管物、管帐人员的相互制约关系；明确规定保证会计凭证、会计记录完整性和正确性；明确规定建立财产清查盘点制度和计算机会计信息系统操作。
突出行政事业单位内部控制人的因素在内部控制中的重要地位。根据国际惯例和我国审计准则的规定，内部控制包括控制环境、会计系统和控制程序三个构成要素。控制环境是指一个单位对内部控制的一种氛围,即管理当局对内部控制的重视程度。控制环境作为内部控制的组成部分,扩大了控制范围,尤其是把管理当局对控制的态度和认识作为内部控制环境的首要内容,更加突出了人的因素在内部控制中的重要地位。
作为活因素,一方面,内部控制成败的关键取决于员工素质的高低。行政事业单位必须重视对管理人员的选用,制定良好的用人政策,让有较高能力的人员执行内部控制制度,确保内部控制制度发挥作用。另一方面,行政事业单位管理者对内部控制的自觉控制意识和行为是内部控制实施与否的更为关键的因素。还有,确定行政事业单位管理者与会计机构会计人员的制约关系,也是保证行政事业单位内部控制的关键因素。只有这样,才可能建立行政事业单位内部相互监督、相互制约的内部控制机制。
行政事业单位必须充分发挥内部审计的作用。内部审计是行政事业单位强化内部控制制度的一项基本措施，内部审计工作的职责不仅包括审核会计账目，还包括稽查、评价内部控制制度及审核行政事业单位内部组织机构执行职能的效率，从而保证内部控制制度更加完善、严密。
三、建立对内部控制的外部监督约束机制
内部会计控制因制度本身及人为因素的制约，存在固有的局限，行政事业单位能否建立完善的内部控制系统并切实予以实施，还必须依赖于外部的监督。单位内部的会计监督、政府部门监督、社会监督构成了符合社会主义市场经济要求的三位一体的会计监督体系，其中社会审计监督和政府部门监督就属对内部控制的外部监督约束机制。
加大社会监督的鉴证、服务功能。注册会计师审计是社会监督的重要组成部分，注册会计师出具的内部控制评价报告是评价行政事业单位信誉高低的标志，这就督促会计主体从自身利益和社会形象出发，自觉实施内部控制。会计事务所也要积极开展对内部控制制度的咨询工作,为行政事业单位建立和实施内部控制提供人力、技术等方面的支持和服务，从而促进内部控制制度的有效实施。
加强政府的监督力度，严格执法机制。政府部门监督在会计监督中具有权威性，而财政部门作为会计工作的主管部门，应依法推动内部控制的建设与实施。一方面，要正确履行法律赋予的职责，依靠政府监督的权威性，综合利用行政的、经济的、法律的手段，加大惩治力度，对因内部控制失控导致的各种问题，依法追究管理者的责任；另一方面，财政部门应协调审计、税务、银行、证券监管、保险监管等部门依法对行政事业单位内部控制实施监督检查，共同营造一个促进内部控制有效实施的良好环境。
建立健全内部控制制度必须依靠国家行政事业单位和社会三方面的努力，营造一个内部控制氛围，一方面由政府或权威部门制定内部控制标准体系，另一方面要对行政事业单位内部控制审计做出强制安排，从内部环境与外部环境着手，切实建立起一套行之有效的内部控制制度。
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