影响抗原分子免疫原性的因素主要有两种，包括抗原方面的因素和机体因素。抗原方面的因素又可以分为异物性和理化性状。机体因素则包括遗传因素和年龄、性别与健康状态。
一、抗原方面的因素
异物性
异物性是作为抗原的首要条件。所谓异物是指化学结构与宿主自身成分不同的，或者说是未成熟免疫活性细胞从未接触过的物质。
①异种物质;种系差距越远，组织结构差异越大，免疫原性就越强。例如马血清对人而言是良好的抗原，而对驴来说则是较弱的抗原。
②同种异体物质;同种不同个体之间，由于遗传基因不同，其组织细胞成分也可存在着不同程度的差异。因此，同种异体之间的有些物质也有免疫原性。
③自身抗原:在外伤、感染、电离辐射、药物等影响下，自身组织成分发生改变或一些与免疫活性细胞隔绝的隐蔽成分进入血流，均可具有免疫原性。
理化性状
①分子大小:抗原的分子量--般在10kD以上，分子量越大，免疫原性越强。
②化学组成和结构:芳香族氨基酸增强蛋白质分子的免疫原性。核酸的免疫原性很弱，脂类一般无免疫原性。
③分子构象与易接近性对于B细胞识别的抗原，其免疫原性尚与抗原的分子构象和易接近性有关。
④物理性状环状分子蛋白质较直链分子蛋白质免疫原性强，聚合状态的较单体的
强。
二、机体因素
①遗传因素控制机体对抗原应答的免疫应答基因主要是MHC。
②年龄、性别与健康状态一般而言，青壮年个体比幼年和老年的应答能力强。雌性动物较雄性动物抗体生成高，但妊娠期应答能力受到显著抑制。