相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧!
在circos官网(
/
)的最右方有个“CIRCOSONLINE”选项,这里可以实现在线绘制部分circos图。
打开后界面如下:
以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例,给大家讲解circos图的绘制功能。该图能够很直观的反映各样品中不同物种所占的比例,以及物种在不同分组或者样品中的分布关系。
绘制circos图
1.数据准备
首先我们要做的就是准备画图所用到的数据,所用数据为物种在各样品中的相对丰度,这里只选用丰度大于0.01的物种用于绘图,数据如下(列名A、B、C为样品,行名Acetobacteraceae等是科一水平的物种分类):
OTUABC
Acetobacteraceae0.5063653216696110.5968872412369940.457528142134733
Arcobacteraceae0.0003294904846044670.0179133872520980.000426249200782749
Bacteroidaceae0.01752092807693420.04558718113953470.352221339584988
Dysgonomonadaceae0.001842974249051360.02565003004872960.0330226880824598
Lachnospiraceae0.005691857602178260.01390206286339050.0173870923992018
Lactobacillaceae0.174952205775860.2379461150250890.0588340146862225
Pseudomonadaceae0.00213263621353880.02862956070929480.0127991010016856
Ruminococcaceae0.003124728441908290.005061219761203110.0274388235522058
Sphingomonadaceae0.2578607015612780.007113946230875610.00898610815104722
由于网站要求的数据格式为非负整数,故将所有的数据乘1000(系统会自动截掉小数点后的数据),输入数据则变为:
OTUABC
Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733
Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749
Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988
Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598
Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018
Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225
Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856
Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058
Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722
2.绘图
数据准备好就可以来绘制circos图了,只需要导入数据就可以。
生成的图片如下:
可以看到,图中的物种和样品完全是按照字母顺序排列的,我们希望物种和样品分别位列两边,这里可以人为的对其指定顺序。方法也很简单,就是在数据的第一行和第一列用数字来指定顺序。如下:
OTUOTU1_2_3
OTUOTUABC
12Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733
10Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988
8Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598
6Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018
11Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225
7Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856
5Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058
9Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722
4Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749
第一行指定了样品的顺序,而第一列按丰度指定物种的顺序。生成图片时要勾选下图红框中的选项(排序所用),不然会报错哦!
新图如下:
图中由于部分物种丰度较低,导致物种名重叠,解决这个问题可以改变文字的布局。这时就需要进行设置了。
3.图片设置
点击"settings"进入设置界面,会有很多的设置选项,可以对图片进行细调。
这里只需要修改两个地方即可,将下图第一个红框改为“no”,可以调整文字为垂直布局,避免重叠;但是如果物种名太长,又可能会超出图片范围,所以要缩小圆圈的半径,即将第二个红框改为small。
修改并保存设置后,重新生成图片:
好了,今天我就先给大家介绍到这里,希望对您的科研能有所帮助!祝您工作生活顺心快乐!
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亿图如何绘制uml数据时序图绘制步骤
使用「亿图图示」软件(需提前安装)绘制时序图,只需要4个步骤,具体内容如下所述:
①运行软件,开启绘图
双击启动软件,依次点击“新建”-“软件”-“UML模型图”-“创建”。
②绘制UML时序图
在左侧符号库里找到“UML序列”的符号,从中拖拽符号至画布中,再进行排列组合。
③完成绘制
输入文本,再修改样式,即可完成时序图的绘制。
④保存或导出
可以在软件“文件”中,保存源文件到电脑本地,也可以保存为其他的查看格式。
另外,软件里还内置不少模板,可以免费修改和套用。
常用的数据可视化软件有哪些大数据正在走进人们的生活。虽然获取数据问题不大,但有很多人不知道如何得出结论,因为数据太多。因此,我在这里提供了8个有用的数据可视化工具,帮助你了解数据,希望这能够帮助你!
1、
Datawrapper
Datawrapper是一个用于制作交互式图表的在线数据可视化工具。一旦您从CSV文件上传数据或直接将其粘贴到字段中,Datawrapper将生成一个条,线或任何其他相关的可视化文件。许多记者和新闻机构使用Datawrapper将实时图表嵌入到他们的文章中。这是非常容易使用和生产有效的图形。
2、
TableauPublic
TableauPublic可能是最流行的可视化工具,它支持各种图表,图形,地图和其他图形。这是一个完全免费的工具,你用它制作的图表可以很容易地嵌入到任何网页中。他们有一个不错的画廊,显示通过Tableau创建的可视化效果。
虽然它提供的图表和图形比其他类似工具要好得多,但我并不喜欢使用它的免费版本,因为它附带了一个很大的页脚。如果不是像我这样大的关闭,那么你一定要试试看。或者如果你能负担得起,你可以去付费版本。
3、
Hightopo
Hightopo作为成熟的数据可视化编辑器,具备可复用、动静结合独特的展示效果,使得数据可视化灵活强大,动静皆宜,为广大用户提供了无限的应用能力和想象空间。
其拥有自主研发的可视化软件,泛用于工业物联网场景的B/S模式,支持
2D、3D
图形组态。兼备了国外可视化轻量跨平台操作的优秀特点,可与企业自有系统无缝整合,轻松将边缘数据统一为一个功能全面的数据可视化系统。实现现代化、高性能、跨平台图形展示和良好的交互体验。同时还可以免费申请试用软件。
4、
非常适合小型项目。尽管只有六种图表类型,开源图书馆是用于爱好和小型项目的完美数据可视化工具。使用HTML5canvas元素绘制图表,创建响应式平面设计,并且正在迅速成为最流行的开源图表库之一。
5、
Raw
Raw将自己定义为“电子表格和矢量图形之间的缺失链接”。它建立在之上,设计得非常好。它有这样一个直观的界面,你会觉得你之前使用过它。它是开源的,不需要任何注册。
它有一个21图表类型的库可供选择,所有的处理在浏览器中完成。所以你的数据是安全的。RAW是高度可定制和可扩展的,甚至可以接受新的自定义布局。
6、
Infogram
Infogram使您可以在线创建图表和图表。它有一个有限的免费版本和两个付费选项,其中包括200+地图,私人共享和图标库等功能。
它配备了一个易于使用的界面,其基本图表设计良好。我不喜欢的一个功能是当您尝试将交互式图表嵌入到您的网页(免费版)时所获得的巨大徽标。如果他们能像DataWrapper使用的小文本那样更好。
7、
TimelineJS
顾名思义,TimelineJS可以帮助您创建美丽的时间线而无需编写任何代码。它是一个免费的开源工具,被Time和Radiolab等一些最受欢迎的网站所使用。
这是一个非常容易遵循四步过程来创建您的时间表,这在这里解释。最好的部分?它可以从各种来源获取媒体,并内置对Twitter,Flickr,GoogleMaps,YouTube,Vimeo,Vine,Dailymotion,Wikipedia,SoundCloud和其他类似网站的支持。
8、
Plotly
Plotly是一个基于Web的数据分析和绘图工具。它支持具有内置社交分享功能的图表类型的良好集合。可用的图表和图表类型具有专业的外观和感觉。创建图表只需要加载信息并自定义布局,坐标轴,注释和图例。如果你想要开始,你可以在这里找到一些灵感。