纸质发票作废的操作步骤如下：
1. 确认电脑网络连接正常，将金税盘接入电脑，使用开票员账号登录开票系统。
2. 在系统中点击“发票管理”，随后选择“作废发票”按钮。
3. 系统将显示所有开票记录清单，在清单中找到需要作废的发票信息并选中，点击鼠标打开。
4. 系统将显示所选发票的详细信息，在此页面中点击“作废”按钮。
5. 根据系统提示，完成发票作废操作。
6. 最后，返回所有发票清单查看作废标志，以确认作废是否成功。
至于在税务厅代开发票的方法，请按照以下步骤进行：
1. 前往主管国税局的办税服务大厅，领取并填写《代开发票申请表》一份。
2. 纳税人需要提供以下资料：申请人的合法身份证件、付款方对所购物品的品名、单价、金额等出具的书面确认证明，或购销合同。
3. 税务机关承诺在提供的资料完整、填写内容准确、手续齐全的情况下，当场办结。
关于发票作废的时间限制，开具的发票作废最长时限为一个季度。开票当月内可以作废，跨月则无法作废，只能冲红票。普通发票的红字发票开具，只要原发票退回，即可开具。但专用发票的红字发票开具较为复杂，分为两种情况：
1. 如果购货方已对发票进行认证并抵扣，则购货方需向主管税务机关申请开具红字发票通知书，销售方凭此通知书开具红字发票。
2. 如果购货方未对发票进行认证，则销售方需向主管税务机关申请开具红字发票通知书，销售方凭此通知书开具红字发票。
以上操作遵循《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第二十七条的规定，发生销货退回需要开红字发票时，必须收回原发票并注明“作废”字样或取得对方有效证明。销售折让时，也需在收回原发票并注明“作废”字样后，重新开具销售发票或取得对方有效证明后开具红字发票。
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