有物理研究所、数学研究所、化学研究所和生物研究所等。
物理研究所是中科院最早成立的研究所之一，也是中国物理学研究的领军单位之一，其研究领域涵盖了凝聚态物理、光学、原子分子物理等多个方向，都有非常出色的科研成果。数学研究所则是中国数学研究的重镇之一，其研究领域包括代数、几何、拓扑等多个数学分支，也有很多国际领先的成果。
化学研究所和生物研究所也是中科院的重要研究机构，其中化学研究所在有机化学、无机化学、物理化学等领域都有非常出色的研究成果，而生物研究所则在分子生物学、细胞生物学、神经生物学等领域有着颇高的研究水平。
这些研究所之所以比较厉害，一方面是因为它们拥有优秀的科研团队和先进的实验设备，另一方面也是因为它们在科学研究方面取得了很多重要的成果，为国内外的学术界做出了贡献。同时，这些研究所也在不断地推动科技创新和人才培养，为中国的科学技术发展做出了重要的贡献。