首先你未表述清楚你公司的性质，一般公司的上级主管部门是公司的投资人，比如说母公司是子公司的上级主管，没有母公司的普通国企上级主管部门是其直接的投资人，如履行出资人职责的
国资委，自然人投资的公司就不存在上级了，或者说公司股东会是上级。但公司在市场中运营通常都会有相应的监管部门，如行业监管部门，比如经营食品、药品的会受食药监局监管，公司经营中要受受工商、税务部门的监管。所谓上级主管部门的说法其实是适用于国企的一种表述，因为国企必然是由上级主管部门的。普通民企如果涉及到填一些来自各方面的表单非要填上级主管部门，而又觉得没法填，不妨填上与公司相对密切的监管机构也没什么问题，比如填公司登记的工商管理机构，或者某些公司设立在某开发区，直接填开发区管理机构都不是什么大问题。