丹寨县林业局下设多个关键职能机构，以确保森林公安、林政资源管理、营林、木材流通检查、山林权属争议调处、园林绿化和林业科技推广等工作的有效进行。
1. 森林公安分局: 作为副乡级单位，双重领导于县林业局和县公安局，负责森林公安工作，包括案件查处、治安管理、队伍建设及森林防火事务，设有森林防火办公室、办公室、刑侦治安队、法制股等四个股级机构，以及兴仁、龙泉、排调三个林业派出所。
2. 林政资源管理站: 是全额预算事业单位，负责森林资源的管理、采伐许可、林地管理、木材经营加工监管等工作，编制5名，设站长及副站长。
3. 营林站: 作为林业建设与发展的重要部门，负责植树造林、生态营林项目和城乡义务植树等，编制10名，设站长及副站长。
4. 木材流通检查中心 (老冬寨和五里关): 专职木材运输检查监督，确保法律执行，负责松香和野生动植物运输管理，有专门的编制和领导职务。
5. 山林权属争议调处办公室: 负责山林纠纷调查、调处指导和林业行政复议等，编制3名，设主任。
6. 园林绿化办公室: 负责园林规划、指导和绿化工程管理，编制3名，设主任。
7. 种苗站: 管理全县苗圃，制定种苗计划，推广良种，严格执行质量监督，编制5名，设站长及副站长。
8. 退耕还林工程管理办公室: 贯彻执行退耕还林政策，负责工程规划与实施，编制3名，设主任。
9. 林业科技推广站: 推广林业科技成果，进行科技培训，编制5名，设站长及副站长。
乡镇林业站职能已划归乡镇管理，县林业局负责相关业务指导。
县城规划区园林绿化由市政管理局负责，其余地区由林业局管理。