关于蚩尤与黄帝之战，载籍所见，有三种说法：一说是黄帝胜炎帝之后，再胜蚩尤而巩固帝位，黄帝与蚩尤之战似为黄炎之战争的余波；另一说是蚩尤驱逐赤帝（即炎帝），赤帝求诉于黄帝，二帝联手杀蚩尤于中冀；三说是蚩尤作兵攻黄帝，兵败被杀。
第一种说法如《史记·五帝本纪》载：“轩辕乃修德振兵，治五气，艺五种，抚万民，度四方，教熊罴貔貅[]虎，以与炎帝战于阪泉之野。三战然后得其志。蚩尤作乱，不用帝命。是黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于涿鹿之野，遂依附杀蚩尤”。太史公言黄帝名轩辕，国号有熊轩辕本意为车，应是指发明制作车的技术而得名的氏族及其首领的名称，如发明制作农耕工具技术称神农氏，发明制作捕捞工具技术而称伏羲氏，发明钻燧取火技术称燧人氏然。有熊国号。当时的“国”，实为部落。熊、罴、貔、貅、[]、虎为六种兽名，应是有熊部落中六个氏族的名称，或谓图腾。阪泉，水名，在今北京市延庆县。涿鹿，山名，在今河北涿鹿县，与阪泉相距不远。
第二种说法见于《逸周书·尝麦解》：“蚩尤乃逐帝，争于涿鹿之阿，九隅无遗，赤帝大慑。乃说于黄帝，执蚩尤，杀之于中冀”。广平之地曰阿。争战发生在涿鹿山下的开阔地带，隅指角落，“九”意指多，并不限于具体数目八加一。“九隅无遗”是说蚩尤驱逐赤帝（即炎帝）部落不留遗地。地冀指中原冀州。《尔雅·释地》：“两河间曰冀州”。郭璞注：“自东河至西河”。当时把黄河入海处称为东河，河套向南流处称西河。《周礼·职方》记：“正北曰并州”，今山西太原、河北正定保定皆属之；“东北曰幽州”，今北京市属之。上古冀州位于幽、并之南，地在今山西南部及河北西南部。传说蚩尤被杀之处，在今山西运城解州。
第三种说法如《山海经·大荒北经》载：“蚩尤作兵伐黄帝。黄帝乃令应龙攻之冀州之野。应龙畜水。蚩尤请风伯雨师纵大风雨。黄帝乃下天女曰魃，雨止，遂杀蚩尤”。风伯雨师是农耕蚩尤部落专司气象的巫师，后为农业气象神，立有庙，岁时奉词。《韩非子·十过》说：“昔者黄帝俣鬼神于泰山之上……蚩尤居前，风伯进扫，雨师洒道”，反映了风伯雨师与蚩尤部落之密切关系，因为农业部落生产的丰收部是与风调雨顺分不开的。
三说孰是，今已无考查之可能与必要。对于此类沪传千年后才被记入载籍的史前传说，史学家注视的焦点，是其中透出的史影；而民族学者关心的问题，则是该传说反映出的族体的类型、文化特征及其形成和衍变的过程。
蚩尤战败后的结果，一说是被黄帝擒杀，如前引述《史记》《逸周书》《山海经》所记；另一说是受到黄帝重用，如《龙鱼河图》所言：“黄帝制服蚩尤，帝因使之主兵，以制八方”。逮至秦汉，民间尚有以蚩尤为兵主行礼祠之俗。以致秦始皇东游及高祖刘邦起兵，皆从民俗礼祠蚩尤，见载于《史记·封禅书》及《史记·高祖本纪》。
《管子·五行》亦有黄帝重用蚩尤的记载：“昔者黄帝得蚩尤而明于天道……蚩尤明天道，故使为当时”。“当时”是中原黄帝部落联盟的一种公职名称，其地位与职能约与《周礼》中的“天官”相类，亦近似于后世各朝之宰相，是辅佐部落联盟首领（帝）管理各部落公共事务的部宰。此处所言之“天道”，是指天文历法岁时月令的经验知识。熟悉这些知识，是安排农业部落生产生活，管理好农业部落社会的关键。
关于蚩尤的两种截然不同的结局的记载，反映了黄帝与蚩尤关系的不同阶段与不同侧面。“蚩尤”本是农部落的他称，既是对部落酋长的他称，也是对部落全体成员的他称。蚩尤部落的第一任酋长称蚩尤，第二任酋长亦称蚩尤；第一代部落成员称蚩尤，第二代部落成员仍然被称为蚩尤。如同《大载礼记·五帝德》记“黄帝三百年”之类传言的实际内涵。把黄帝与蚩尤的战后关系放到原始部落战争的历史背景中去认识，杀戮是不可避免的，斩尽杀绝又是不可能的，最终只能是让战败的部落在服从的条件下保持原状生活下去。
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