根据上述主要职责，四川省商务厅设23个内设机构 ：
（一）办公室
制定机关工作制度并组织实施；负责综合协调、会议组织、公文处理、秘书事务、新闻宣传、政务信息、政务公开、政务督办、绩效考核、机要档案、安全保密、维稳信访、接待等机关日常政务和行政事务。
（二）综合处
研究经济全球化、区域经济合作、现代市场体系和现代流通方式的发展趋势并提出对策建议；研究商务领域重大问题并提出意见建议；拟订商务发展中长期规划并组织实施；负责商务运行情况的监测、分析、统计汇总工作；牵头组织商务课题调研，草拟综合性重要文稿；负责商务领域深化改革工作；承担商务志编篡工作。
（三）法规与贸易救济处
组织起草地方性商务法规、规章草案，审核有关规范性文件；组织实施法制宣传，指导商务系统依法行政；承办本部门行政诉讼、行政复议、组织听证及行政赔偿等事务；承担进出口公平贸易和产业损害调查相关工作；建立进出口公平贸易预警机制，指导协调对我省出口商品的反倾销、反补贴和保障措施的应诉及相关工作；负责反垄断相关工作；负责世界贸易组织涉及我省有关工作。
（四）行政审批处
负责指导、监督本系统行政审批制度改革以及本系统中介机构承担的行政审批相关业务工作；按照“两集中、两到位”的要求，集中承担省本级有关行政审批事项的受理和审批工作，组织协调相关事项的勘查、论证、审核等工作，发放行政许可证；承担本部门行政权力事项的清理和纳入电子政务大厅平台工作，推进行政权力依法规范公开运行。
（五）服务业发展协调处
按要求承担服务业发展工作中组织实施的协调工作，拟订相关计划和政策措施并组织实施；汇总分析全省服务业运行发展情况，提出解决相关问题的意见建议；推进服务业重大项目建设；承担四川省服务业发展领导小组办公室日常工作。
（六）市场秩序处
建设完善涉及国内贸易市场监管体系，规范市场交易行为，营造法治化营商环境；承担组织整顿和规范市场经济秩序相关工作，拟订规范市场运行和流通秩序的政策措施；协调打破市场垄断、行业垄断和地区封锁的有关工作，规范商贸企业交易行为；履行市场综合治理和监管职责；负责商贸领域行政执法工作，完善市场秩序举报投诉服务网络建设；指导商业信用销售，推进商务诚信建设，参与组织打击商业欺诈工作；按规定承担药品流通相关管理工作；对内资直销进行监督管理；承担省打击侵犯知识产权和制售假冒伪劣商品工作领导小组办公室日常工作。
（七）市场体系建设处
建设完善涉及国内贸易市场规划体系，优化空间布局和市场结构；组织拟订涉及国内贸易发展规划和促进国内市场体系建设、城乡市场发展的政策；促进城市商业健康、有序发展，指导城市商业网点规划、商业体系建设和社区商业发展；推进农村市场体系建设和农产品流通体系建设，促进产销衔接；规范商业领域投资市场准入程序，推进各类商品市场建设，参与指导国内期货市场发展；按规定对汽车流通行业进行监督管理。
（八）流通业发展处
建设完善涉及国内贸易市场组织体系，促进市场主体发展，推广现代流通方式；拟订流通业发展的政策措施，推进流通标准化和流通行业科技进步；推动连锁经营等现代流通方式发展，负责商业特许经营相关工作；推动商贸流通中小企业发展，促进商贸物流体系新兴业态发展；负责流通领域安全生产管理工作；促进指导流通领域节能降耗和再生资源回收工作；按规定对拍卖、典当、租赁、旧货流通、免税商店等特殊流通行业进行监督管理。 （九）市场运行与消费促进处（四川省茧丝绸协调办公室）
建设完善涉及国内贸易市场调控体系，负责内贸行业统计、市场统计检测调控和重要商品流通管理，稳定市场，扩大消费；监测分析市场运行和商品供求状况，调查分析商品价格信息和行业发展状况，进行市场预测预警和信息引导；组织实施重要消费品市场调控，建立健全生活必需品市场供应应急管理机制，按职责负责重要消费品（肉类、食糖、边销茶、小包装食品等）储备管理；负责重要商品流通管理及行业协调，承担“菜篮子”商品供应、茧丝绸流通等协调工作；统筹商务领域消费促进工作，提出相关工作措施和政策建议。
（十）国际经贸关系处（台港澳处）
协调对外经贸合作工作，研究提出促进多双边（含区域、自由贸易区）经贸合作对策建议；组织对香港、澳门特别行政区和台湾地区的经贸交流与合作；负责多双边对我省无偿援助和赠款（不含财政合作项目下外国政府对我省的赠款）；承担厅机关并指导商务系统外事联络工作，管理商务因公出国（境）事宜，承办重要商务外事活动；承担商务涉外宣传工作。
（十一）对外贸易运行处（四川省机电产品进出口办公室）
拟订进出口贸易发展战略和中长期规划；研究提出加快对外贸易发展的政策措施并组织实施；承担重要工业品、原材料和重要农产品进出口总量计划的组织实施；会同有关部门协调大宗进出口商品，管理进出口商品配额及许可证；指导协调对外贸易信用体系建设和标准化建设；负责对外贸易统计工作；监督管理进口机电产品国际招标；建立并完善产业安全预警机制，开展产业竞争力调查、指导协调产业安全应对工作；负责两用物项和技术进出口的监管。
（十二）对外贸易发展处
指导、协调对外贸易促进体系建设；研究境外目标市场，指导赴境外各种经贸交易会、展览会、洽谈会等贸易促进活动，推进对外贸易发展方式转变；负责加工贸易指导、管理和服务，协调出口加工区的业务工作；负责贸易便利化，指导协调对外贸易运输业务；负责对外贸易队伍建设；培育形成以技术、质量、品牌、服务为核心竞争力的出口新优势。
（十三）服务贸易与商贸服务业处
拟订服务贸易和服务外包发展规划，研究提出促进技术贸易和服务出口、服务外包的政策措施并组织实施；承担技术引进和出口工作，负责服务贸易促进和统计工作，推动服务外包平台建设；承担商贸服务业（含餐饮业、住宿业）行业管理工作；负责会展业促进与管理工作；负责国际货代工作。
（十四）外国投资管理处
指导外商投资管理工作，研究我省外商投资现状及发展趋势；参与拟订利用外资发展规划并组织实施，负责外商投资统计；依法监督外商投资企业执行有关法律法规规章、合同章程的情况，指导外商投资企业增资工作；指导外商投资企业履行社会责任并协调解决有关问题。
（十五）外国投资促进处
负责外商投资促进工作，拟订外商投资促进中长期规划和利用外资、改善投资环境的政策措施并组织实施；牵头外资并购工作；建立利用外资项目库和资源库，跟踪促进重大外资项目；规范对外招商引资活动，协调组织跨区域大型投资促进和外资政策宣传，建立和完善多层次的投资促进工作网络体系；承担与境外投资促进机构及商会、协会的联系与交流；指导协调省内国家级经济技术开发区的有关工作。
（十六）对外经济合作处
拟订并执行对外经济合作政策，依法管理和监督对外投资、对外承包工程、对外劳务合作、设计咨询等对外经济合作业务，指导对外承包工程项目带动成套设备出口；拟订公民出境就业管理政策，承担外派劳务和赴境外就业人员的权益保护工作；管理承担的国家对外援助任务。
（十七）电子商务与信息化处
拟订电子商务发展规划，拟订推动企业信息化、运用电子商务开拓国内外市场的相关政策措施并组织实施，推动电子商务的应用和发展；负责商务系统信息化建设；承担厅电子政务、政府网站及办公自动化管理工作。
（十八）财务处
研究提出促进商务发展的财税、金融等政策建议；监督管理各项商务发展专项资金；负责厅机关财务、资产管理和基本建设工作；指导监督直属事业单位财务管理、资产管理和基本建设工作；负责定点扶贫和对口支援工作。
（十九）审计处
负责厅属单位财政财务收支、资产、负债、所有者权益以及固定资产投资项目审计监督工作；承担厅属单位主要领导干部任期经济责任审计、部门预算执行及内控制度建设的审计评价工作；牵头组织厅机关和厅属事业单位基本建设工程造价结算审核工作；承担商务重大项目专项审计工作；指导行业审计工作。
（二十）人事教育处
承担厅机关和直属事业单位的机构编制、人事管理、教育培训等工作；指导商务人才队伍建设；负责出国人员政审和遴选推荐驻外商务机构工作人员。
（二十一）离退休人员工作办公室
负责厅机关和原省外经贸厅离退休人员工作，指导商业离退休人员工作处、物资离退休人员工作处和直属单位的离退休人员工作。
（二十二）商业离退休人员工作处
负责原省流通行业办公室、省食品工业协会管理的离退休人员工作。
（二十三）物资离退休人员工作处
负责原省物资集团管理的离退休人员工作。
