念珠的梵文原语有四种, 译成中文意思是: 数珠, 珠鬘, 念诵鬘, 珠之贯线, 印度人自古都有以璎珞鬘条缠身之风俗, 亦是後来演变成念珠的使用。
不过佛教最初是没有使用念珠, 最早有记载约是二世纪, 而中国则在隋唐时代(公元六百年左右)开始有记载使用念珠及在雕刻佛像时亦有刻上念珠。念珠不是佛教所创, 在佛陀时代所制的律仪亦无念珠的记戴, 亦不包括在「比丘十八物」中。
而佛经记戴念珠多出於後期的经典, 而律部经典却不见有记戴, 所以依律典的南传佛教徒亦较少有持珠, 但在密教中念珠却是极受重视。
传入中国的经典有提及念珠的包括: 「木[木患]子经」,「校量数珠功德经」, 「金刚顶瑜伽念珠经」等, 主要内容是讲述持珠念三宝之功德, 总括来说念珠可以令佛弟子自省, 高僧大德配戴挂珠时亦可增加威仪。但此记录最早不过隋唐时期，与南传佛教的律是有一定的冲突性和不同的。
念珠是念佛、持咒、诵经时用以收摄心意，消除妄念，专注精进的法器，同时又是记数的下具。唐朝飞锡以随息念佛为珠：“吾则以出入息为念珠焉，称佛名号，随之于息。”并自称“行住坐卧常用此珠。”
首先要选择合适的念珠，当然是选择自己喜欢和使用方使的念珠。可选挂珠，持珠或戴珠。不同质料的念珠，在持诵修行时所获功德不同。据《佛说校量数珠功德经》所载，不同材料的念珠差异如下：
功德倍数
铁 五倍
赤铜十倍
珍珠、珊瑚 百倍
木槵子千倍
莲子 万倍
因陀罗怯义(青色宝石) 百万倍
金刚子 千万倍
水精(晶) 万万倍
菩提子 无量数
其次，修不同的法使用不同的念珠，在密宗修持中，据《金刚顶瑜珈念珠经》载：“佛部念诵菩提子，金刚部法金刚子，宝部念诵以诸宝，莲花部珠用莲子，羯磨部中为念珠，众珠间杂应贯串。”这是指唐密(也就是汉地密教，由唐朝开元年间善无畏、金刚智、不空三大十传来中土)中修法中分为五大部即佛部、金刚部、莲花部、宝部、羯磨部，每一部有五大类真言，三密(身、口、意)修行方法有其仪轨，因此使有不同质量的念珠，所获功德也有差异：
砗磲一倍
木槵子二倍
铁 三倍
熟铜四倍
水晶、珍珠、诸宝 百倍
帝释子 千倍
金刚子 俱胝(千万)
莲子 千俱胝(百亿)
菩提子 无量数
在密法修练中，念珠在使用方法和贯串的方法也有不同。在密法四小悉地(即下品的四小成就法)修行中，有息灾、增益、怀爱、降伏四法中，所用念珠也不同，如修息灾法用白色念珠，修增益法用黄色念珠，修怀爱法用红色念珠，修降伏法用绿色念珠。但这些法门须在上师灌顶后才可修行。菩提子念珠则修任何法都可通用。
再者，在唐密和藏密的修法中，均有加持念珠的真言，念诵经咒之前，诵加持念珠真言可获无量倍功德。如唐密加持念珠真言为“唵，毗庐遮那摩诃，莎诃”。密的修法中，藏密加持念珠真言为“嗡，惹渣若嘛呢，扎瓦达哑哄”。每使用念珠前诵加持念珠真言七遍。
将念珠展开，右手四指下托，念佛或持咒时，从母珠(最大的那一粒，也称佛头)旁的第一珠起，母指下掐，一句一珠，或一咒一珠，掐起到母珠时，应即刻由左向内转过头来，再从母珠旁的第一珠掐起，千万不要跨越或直掐而过母珠。经云：“不应越母珠，蓦过越法罪。”“因绳线表观音，母珠表弥陀也。”
另外，有些经典中对于掐珠的方法，也有不同的记载。《摄真实经》中对执持念珠的方法是这样 ：
佛部
应用右手母指与头指(食指)掐之；
金刚部
应用右手母指与无名指掐之；
莲花部
应用右手母指与四指掐之；
羯磨部
应用右手母指与四指掐之。
《苏悉地经》中的记载是只有胎藏界三部：
佛部
右手大指与无名指之头相合，中指与小指直立，头(食)指少屈，附于中指中节以掐之。
莲花部
合大指与中指之头，余指皆舒而掐之。
金刚部
合大指与食指之头，余指皆舒而掐之。
以右大指捻头指当心拨珠，余三指散直(这是佛部的说法印，亦名“持明印”，这里则为“念诵印”。左手引珠，右手持珠，如转**状。
二手当心，各聚五指，如末敷莲花，左手持念珠，以右手大指无名指移珠，诵至最后一字移一珠。
以上均为佛典所载，实际大都为唐密使用方法。唐密佛珠有两个佛头，表白度度他。唐密之所以以母指与四指掐珠居多，因唐密五指以小指起表地、水、火、风、空，四指(即无名指)表水，唐密修行之真言种子，须借水浇灌之方得以发芽、生长。不过以遵照经典记载的掐珠方法修持为好，因为功德究竟不同。
任何人均可颈挂念珠，所谓“出家人才能颈挂”的说法并无依据，有高僧大德专门提出，人人都可以挂在颈上，皆可获无量福，灭无量罪。念珠挂在颈上挂一圈；如果手上拿着一定要是两圈；如放在台案上，一定要放三圈，才合规矩。念珠是修行的工具，念佛、持咒存乎一心。“静虑离妄念，持珠当心上”。佛珠的数量、构造和质料都只是助道的助缘，不可过于着相和执着：“相由心生，境由心转，心系诸佛，珠可助道”。