在《三体》中黑暗森林法则早已不适用于归零者这样的大神文明群体了。
最初是由罗辑根据宇宙中的两条公理和两个重要概念推演发现的，黑暗森林法则是有着局限性的。
在《三体》故事的初期，根据文明的两条公理；生存是文明的第一需要，文明不断增长扩张，但物质资源总量不变；和两个重要概念，猜疑链和技术爆炸，让罗辑发现了黑暗森林法则，并根据此法则，罗辑成功与三体文明谈判，遏制了三体侵略地球的举动。
黑暗森林法则在前期，没有丝毫的破绽，读者们也都代入地球文明，认为黑暗森林法则代表着宇宙的真相，制约着众多的文明，无论是中级和高级文明，还是宇宙中的大神文明们。不过随着《三体》故事的进一步发展，我们的视角已不单单的看着地球文明和三体文明，而是转向宇宙中，这时，黑暗森林法则的破绽就显现了出来。
首先关一帆等人进入四维空间与“墓地”的对话就有黑暗森林法则的破绽。宇宙最初是有着十个维度，但在文明之间的大战中，使得宇宙降至到了三维，而作为三维文明诞生的地球文明所发现的黑暗森林法则，有着局限性也是没有办法的。
破绽第一点，黑暗文明法则无法作用于不同维度的两个文明，一个维度的文明所发现的公理和概念，在两个维度之间全都是错误的，两个维度的文明不存在竞争的关系，两个维度的资源无法互用，当然也就谈不上相互秒杀的黑暗森林法则了。
破绽第二点，黑暗森林法则不是宇宙的真相，它只是宇宙真相的局部演绎。宇宙的血淋淋的真相是大神级文明的争斗早已经进入了白热化的阶段，在像世界大战一样的争斗中，隐藏身形消灭文明的黑暗森林法则早已不适用，大神文明们早就甩开膀子，拿着刀子互捅了，根本就不可能再隐藏自己了。
另外在《三体》中文明的技术爆炸有着上限，且不说大神级文明之间争斗改变宇宙维度后诞生的文明，就是宇宙诞生之初的那些大神级文明们的技术也被宇宙限定死了。他们虽然能够改变宇宙，但却无法逃出宇宙。在《三体》结尾时，大神文明群体向宇宙中的文明发布公告，也不逃离这个即将崩坏的宇宙，那是因为大神级文明的技术也被限制住了，这不是出于其他的文明，而是宇宙本身限制住的。
宇宙中文明技术的上限被限制，也就没有了猜疑链和技术爆炸。大神级文明之间的技术都已经达到宇宙文明的顶峰，相互之间只有制约，那根据猜疑链和技术爆炸建立起来的黑暗森林法则，也就不适用了。
无法升维度和无法逃离崩坏的宇宙，大神级文明粗狂的改变宇宙，把宇宙推向崩坏的深渊，却没有想到技术上限已经被宇宙锁死。最终在崩坏前夕，宇宙疯狂的报复，要带着所有的文明一同赴死。