授粉亲和与否在遗传上由单个基因位点的一对S等位基因控制，不亲和的花粉在柱头上萌发并穿过柱头后，花粉管在花柱内的生长受阻碍，表现出花粉管先端膨大、形状异常，且在花柱内停止生长。也就是说，花粉在花柱内的行动由花粉自身的S基因型支配，当花粉与花柱所含S等位基因为相同的S基因型时，花粉管在花柱内的生长将被阻碍而不能受精结实。目前甜樱桃已研究发现S1～S13共13个S基因位点，自交不亲和基因型组合22个。见表5。
表5 甜樱桃主要不亲和品种组群及其基因型不亲和 组群 S- 基因型 品 种 S1S2 萨米脱（Summit）、斯帕克里（Sparkle）、大紫（Black Tarta-rian）、法兰西皇帝B（Emperor Francis B）、巨早红 S1S3 先锋（Van）、雷洁娜（Regina）、Gil peck、Olympus、Samba、Sonnet、Sumele S3S4 宾库（Bing）、那翁（Napoleon）、兰伯特（Lambert）、Ulstar、Yellow Spanish、Star、法兰西皇帝（Emperor Francis）、安吉拉（Angela）、Kristin、Somerset S2S3 伟格（Vega）、马苏德（Mashad Black）、林达（Linda）、Rubin、Sue、维克托（Victor） S4S5 Turkey Heart S3S6 黄玉（Governor Wood）、柯迪亚（Kordia）、南阳（Nanyo）、佐藤锦（Sato-Nishiki）、红蜜、5-106、宇宙、S3S5 海蒂芬根（Hedelfingen） S2S5 Vista S1S4 雷尼（Rainier）、塞艾维亚（Sylvia）、Black Giant、Viscount S6S9 8-102、Black Tartarian E S2S7 早紫（Early Purple） S5S13 卡塔林（Katalin）、马格特（Margit）、萨姆（Sam）、斯克奈特（Schmidt） S2S4 维克（Vic）、莫愁（Merchant） S1S5 Annabella、Valera S5S6 Colney、S3S9 红灯、布莱特（Bigarreau Burlat）、莫莉（Bigarreau Moreau）、莱州早红（Chelan）、美早（Tieton）、早红宝石、抉择、红艳 S4S6 佳红、京选1号、北2-2、Merton Glory S1S9 早大果、奇好、友谊、极佳（Valerij Cskalov） S3S13 Wellington A S1S6 红清（Beni-Sayaka）、Mermat S4S9 龙冠、巨红、8-129 S3S12 Princess、施奈德斯（Schneiders）