内蒙古工业大学和内蒙古科技大学在综合实力上相当，内科大稍强一些。在国家教育部2006、2009、2012三次评估中，内科大排名前十的学科一个，前二十名的两个、前五十的三个，而内工大没有一个学科进入前五十。这反映了内工大学科实力不强。目前，内科大有国家重点实验室培育基地一个，是自治区仅有的两个国家重点实验室培育基地之一，在内蒙高校设立的院士工作站中，内科大独占两个。在国家自然科学基金申报中，内科大获得自治区第一个杰出青年基金，第一个国家特支科技创新团队，但这些内工大是没有的。总的来说，内科大特色更为突出，在国内和行业中影响更大。以上所言，仅供参考。
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