1955年，胡曲园等教授着手筹建哲学系，确定了培养“哲学家”的目标，并招收了首届哲学研究生班。1956年，复旦大学哲学系正式建立，并迎来了第一批五年制的本科生，这是建国后国内最早建立的哲学系之一。1957年至1959年，哲学系先后建立起辩证唯物主义和历史唯物主义、中国哲学史、外国哲学史、自然辩证法、逻辑学五大教研室；1959年开始招收外国留学生；1960年开始招收硕士研究生。1961年，复旦哲学系在国内高校率先开展了现代西方哲学思潮的教学与研究工作。1965年，在毛泽东主席提出要研究宗教的指示下，在国内高校最早开设了关于世界三大宗教的选修课程。
建系之初，哲学系除了以本系教师为主开展教学与科研之外，还专门邀请了校内很多名家来哲学系讲学，包括周谷城、周予同、苏步青、刘大杰、蔡尚思、谈家桢、谷超豪、蒋学模等。
1966至1976年“文革”期间，哲学系的教学和科研工作受到巨大的冲击和破坏，招生工作被迫停止，至1971年才恢复。庆辛的是，即便在这样的年代，哲学系的总体工作并没有中断，1973年还建立了自然辩证法专业，教师队伍也没有散掉，仍保持了一定的规模，这为后来复旦哲学事业的持续和发展提供了条件。 1977年全国恢复高考，哲学系招收本科生工作步入正轨；1978年，恢复了研究生的招生工作。1979年，成立现代西方哲学研究室，相继开设了一系列现代西方哲学的课程，现代西方哲学的研究迈上了新的台阶。1980年，恢复招收留学生。1982年，经国务院学位委员会批准，先后建立外国哲学、马克思主义哲学与中国哲学三个博士点，成为建国后国内高校培养文科博士的第一批系科之一。
1983年，成立了国外马克思主义研究室，1984年成立科技哲学研究室，1985年成立宗教学研究室。1986年，在此前成立的各研究室的基础上成立现代哲学研究所，刘放桐教授担任了第一任所长。同年，在多方的努力下，建立了社会学本科专业（以后独立成系）。80年代至90年代初，在注重马、中、西三大板块课程建设的同时，科技哲学、宗教学、伦理学、逻辑学、美学等方面的课程也得到了充实和提高。80年代末90年代初，哲学系坚持发展哲学学科，改革哲学专业学生的课程体系，获得了国家级的教学成果奖，而且还为全校开设了更多的哲学类课程。1994年，哲学系被评为全国人文学科人才培养和科学研究基地，成为得到国家重点扶持的第一批文科基地之一。同年，在哲学系成立了复旦大学应用伦理中心。 1995年，以复旦大学建校90周年为契机，哲学系进入了快速发展的新阶段。当时的系领导提出了“以改革开放的大思路，促进哲学系的大发展”的理念，确立了哲学系新时期发展的目标。当年，外国哲学学科被评为上海市重点学科，并被列入教育部211工程。1999年设立了宗教本科生专业。同年，以哲学系为主干力量，成立复旦大学当代国外马克思主义研究中心；2000年，该中心被评为教育部人文社会科学重点研究基地；2005年，以该中心为核心成立了复旦大学当代国外马克思主义与国外思潮创新研究基地。2000年1月，以科技哲学学科点教师为主干力量成立了复旦大学科学技术与社会研究中心。同年，哲学系通过教育部哲学一级学科评审。2002年，马克思主义哲学、外国哲学被评为国家重点学科。在人才培养方面，1998年，成立国内最早的哲学博士后流动站之一并开始招收博士后研究人员。科学技术哲学、宗教学、伦理学分别于1998、2001、2003年建立博士点。2001年，成立宗教研究所。2004年，新增经济哲学、比较哲学和西方马克思主义博士点。在科学研究方面，从90年代末期开始，哲学系的科研成果数、科研项目数与获奖数在全校文科各系一直居于前列。还创立了《当代国外马克思主义评论》、《复旦哲学评论》、《基督教学术》等学术刊物。
