14-16世纪文艺复兴时期影响整个欧洲的波吉亚家族，其前身为西班牙瓦伦西亚（Valencia）地区的贵族，历代担任瓦伦西亚的教职。家族可上溯至阿拉贡王室，拥有庞大的政治势力和财富。
在1455年之后，由于原为瓦伦西亚主教的阿方索·德·波吉亚（Alfonso de Borgia，1378-1458）被选举为教皇加里斯都三世，使整个家族在十五世纪中叶开始大放异彩。接着加里斯都三世的侄子罗德里格·波吉亚（Rodrigo Borgia，1431-1503）也在1492年成为教皇亚历山大六世。
恺撒是亚历山大六世与情妇瓦诺莎·卡塔内（Vannozza dei Cattanei，1442-1518）的私生子，诞生于罗马，这时的亚历山大六世尚未登上教皇之位，尽管依天主教教义，主教、教皇不能结婚生子，但是在这个“礼崩乐坏”的时代里，恺撒以及他的兄妹都是人尽皆知的教皇和他的情妇瓦诺莎的私生子女。亚历山大六世由此成为文艺复兴时期教廷腐败堕落的象征，他不仅私生活上毫不检点，政治上也拥有超出寻常的野心。他计划把自己的长子培养成军事统帅，把次子恺撒培养为宗教领袖，以使波吉亚家族在政教两方面都成为意大利的统治家族。因此恺撒在18岁就成为了红衣主教。 路易吉·波吉亚（西班牙语：佩德罗·路易斯），甘迪亚公爵（Pier Luigi de Borgia，1460？—1488），同父异母的哥哥，早逝，爵位由乔瓦尼·波吉亚继承 。
乔瓦尼·波吉亚（西班牙语：胡安），甘迪亚公爵（Giovanni Borgia，1476？—1497）。目前还不清楚乔瓦尼是出生在1474年还是1476年，他曾长期被认为是亚历山大和瓦诺莎的长子。但现代历史学家，基本赞同他最有可能在1476年出生，比他的兄弟恺撒年轻 。
卢克雷齐娅·波吉亚，费拉拉、摩德纳和雷吉奥公爵夫人（Lucrezia Borgia，1480—1519） 。
杰弗里·波吉亚，斯奎拉切王子（Gioffre de Candia Borgia，1482—1522） 。 恺撒是亚历山大六世喜爱的儿子，是教皇竭尽所能不顾名声的袒护的爱子。虽然是“私生子”，然而由于父亲位高权重，恺撒的出生被教会认为是“合法的”，并被教廷授予圣职 。
7岁，成为瓦伦西亚的牧师； 8岁，被任命为教皇的秘书长；9岁，成为甘迪亚（Candia）的教区长、Albar和哈蒂瓦（Jativa）的教务长，以及卡塔赫纳大教堂（Cartagena）的司库。当然，这些职务都是带薪的，享受教廷的俸禄。恺撒在12岁之前，一直居住在罗马并接受家庭教师的教育。
恺撒早期的导师是保罗·蓬皮里奥（Paolo Pompilio）和乔凡尼·维拉（Giovanni Vera），两个加泰罗尼亚人。恺撒被公认为非常有才华，以及被认为是“意大利最英俊的男子”，1489年于佩鲁贾（Perugia）大学学习法律，后转入比萨大学，师从著名法学家菲利波Decio，学习民俗法和教会法，并很快获得了学位。之后，于比萨继续学习神学。
1491年，16岁的恺撒完成了所有的学业，被授命为西班牙潘普洛纳（Pamplona）的主教。
1492年，被任命为瓦伦西亚大主教，一年后升为枢机主教。
恺撒年纪轻轻就已几乎距象征宗教世界最高掌权者的教皇之位只有一步之遥，这是当时绝无仅有的事。在父亲成为教皇的头几年里，恺撒在梵蒂冈过着放荡不羁的生活。 1496年1月25日，法国国王查理八世为征服拿波里（又名那不勒斯，Naples）途经罗马时，恺撒被作为保证教皇支持的人质陪伴在查理八世身边。但从维莱特里（Velletri）逃回罗马后，恺撒很快就显露出其野心勃勃的本质。
1497年6月，恺撒的兄弟胡安被谋杀。7月，恺撒作为教皇的使节到拿波里为阿拉贡的弗雷德里克（Frederick of Aragon）加冕。由于胡安的死，教皇需要恺撒来完成他的政治计划，并且设法为他安排一桩有利的婚事。恺撒希望迎娶卡洛塔（Carlotta），拿波里国王的女儿，但是拿波里国王父女坚决的拒绝了这个教士和教士的私生子。
1498年8月17日，23岁的恺撒在枢机主教会议上向枢机主教们和教皇提出允许他结束主教生涯的申请，这是史上第一个自请辞职的神职人员。他的教皇父亲为满足他的愿望，解除了所有他的神职义务，与其说是要让他一心于收复教皇国的辖地，不如说是要成全他一统意大利的野心。
1498年4月7日，查理八世无嗣而终，10月1日，恺撒带着衣饰华丽的邑从们作为教皇的使节来到法国，为新任法国国王路易十二带来了教皇取消他和法兰西的珍妮（Jeanne of France）的婚姻消息，因为路易十二需要和布列塔尼的安妮（Anne of Brittany，查理八世的遗孀） 结婚，确保布列塔尼和勃艮第两公国留在法国版图之内。作为交换，恺撒被路易十二册封为瓦伦蒂诺公爵（Duke of Valentinois），以及对他事业的军事进行援助。据说法王为了拢络恺撒，特意将封地选在和瓦伦西亚（Valencia）这个地名相似的瓦伦蒂诺（Valentinois）。恺撒在法国遇见了拿波里的卡洛塔，却没能获得她的芳心。
1499年5月，恺撒接受了同路易十二表妹夏洛特的婚姻。同时，恺撒开始征服罗马涅（又名罗马尼阿，Romagna）地区，随后占领了 伊莫拉（Imola）和弗利（Forli）。恺撒带领着一支小的雇佣军军队就在短时间里将教皇国内的封建势力驱逐出去，使他的权力迅速增长并成为教皇国军队领袖，掌旗官（中世纪意大利共和国的长官）。
1500-1501年，恺撒先后占领了 里米尼（Rimini）和法恩扎（Faenza），佩萨罗（Pesaro）等地。
1501年7月，在取得博洛尼亚（Bologna）后，恺撒回到罗马参加与西班牙瓜分拿波里的阴谋。此时，他已是意大利广阔领土的统治者，教皇所封的罗马尼阿公爵（Duke of Romagna）。之后，他继续攫取厄尔巴岛（Elba Island）、凯马里诺、 皮昂比诺和乌尔比诺公爵领地，进而觊觎佛罗伦萨共和国属地阿雷佐（Arezzo）。
1502年6月，乌尔比诺（Urbino）投降，乌尔比诺公爵古达保度·达·蒙特费尔特罗（Guidobaldo da Montefeltro），一度是他盟友，直到恺撒认为他不再有利用价值，迫使他连夜只身逃跑。
1502年9月，恺撒与列奥纳多·达·芬奇签署合同，雇佣达芬奇为其军事建筑师及工程师。
1499至1503年间，是恺撒权力的巅峰，他自身的强大及非凡才干（或许还有那些残忍手段），加上背后强硬的后台（法国国王以及教皇父亲），他的残忍，他的审慎，他的好运使全意大利为他而恐惧。他的贪婪是无穷无尽的，他不能容忍任何反对者；但是，不同于他的父亲，他是怪癖，沉默而无情的。
1502年，任佛罗伦萨共和国书记官的马基亚维利曾奉使驻节于博尔吉（Borghi）的王廷，企图与恺撒修好，以求返还占地。他亲眼看到恺撒如何交替使用不同的手法，有时是冷静矜慎，有时是旁若无人；常常是口头上说尽了甜言蜜语，行动上则残暴无比；同时又以伪装善良与背信无义的作风处世待人。他对于那些属于他强权之下的被征服的人民，不惜使用种种残酷恐怖的手段，压制反侧；对于那被征服的国家，更是以独裁高压的手段，做最有效的箝制。
马基雅维利对于恺撒玩弄权术的手段十分佩服，他认为：为王者固当如是。 1503年8月，恺撒和他的父亲同时被投毒（一说为疫病），导致恺撒病入膏肓，以及他父亲的突然死亡（1503年8月18日）。此时在他的背后，只有罗马尼阿是坚固的，其他一切都处于风雨飘摇中，而仍然在生死边缘挣扎的恺撒，无法采取任何行动。而正是这一没有任何防备的偶然的事故，导致了他的梦想毁灭。他父亲去世的消息抵达时，正在计划征服托斯卡纳（Tuscany），虽然他在圣天使堡（Castel Sant'Angelo）进行康复治疗，但他的军队仍控制着秘密会议（枢机主教选举教皇的会议）。
1503年10月18日，恺撒所扶持的新教皇庇护三世在位仅仅27天即死于腿部溃疡 。期间庇护三世曾计划逮捕恺撒，但被恺撒从圣天使堡逃脱。随后，恺撒不得不被迫支持宿敌朱利安诺·德拉·罗韦雷（Giuliano della Rovere，1443-1513年，前教皇西克斯图斯四世的侄子），朱利安诺许诺保持凯撒的头衔及荣誉；同年11月1日，罗韦雷顺利继任教皇（即尤利乌斯二世）。但是，当恺撒前往罗马尼阿平息反叛时，却在佩鲁贾附近被吉安·保罗·巴廖尼（Gian Paolo Baglioni）扣押监禁。
至此，恺撒不得不交出他在罗马尼阿所有的城堡。但是，侧泽纳、弗利和贝特诺罗（Bettinoro）的管理者拒绝接受已经成为囚犯的主人的投降命令，最后他们与尤利乌斯二世达成协议，以释放恺撒为条件放弃这些城堡。恺撒被释放后去了西班牙占领下的拿波里，拿波里的西班牙统治者冈佐洛·多·卡多瓦（Gonzalo do Cordova）为他提供了安全通行权。 1504年5月，恺撒正在为将来打算时，他所信任的冈佐洛接受了西班牙国王斐迪南二世（Fernando Ⅱ el Católico）的命令，以扰乱意大利的和平的罪名逮捕了他。
1504年9月，恺撒被带回西班牙，秘密囚禁在梅迪纳坎波（Medina del Campo）的拉·莫塔城堡（Castle of La Mota）。
1506年11月，恺撒从西班牙监狱逃脱，逃到了他妻子的兄弟纳瓦拉国王的宫廷，并与之结盟。
1507年3月12日，恺撒进攻勒林伯爵（Count of Lerin）占据的维安纳（Viana）城堡，在这场可疑的小型战斗中，孤身一人陷入圈套而阵亡。年仅31岁的恺撒手握着武器战斗到了最后一刻，他的佩剑上刻着：不为恺撒，宁为虚无（Aut caesar,aut nihil)。
恺撒最初被安葬在维亚纳圣玛利亚大教堂祭坛下面的一个大理石墓里，上面题词：Here lies in little earth one who was feared by all,who held peace and war in his hand.1537年，一位鼓吹爱与仁慈永无止尽的卡拉奥拉主教，认为这是对神明的亵渎，下令摧毁坟墓，并将遗骸转移到教堂外。2007年，为了纪念他去世500周年，潘普洛纳大主教费尔南多·塞巴斯蒂安·阿吉拉尔（Fernando Sebastian Aguilar），授权将他的骨灰转移到教堂内。如今这里有一尊他的雕像。
恺撒·博尔吉亚是典型的意大利文艺复兴时期涌现出的冒险家之一，但他比其他的竞争者来更加聪明和无所顾忌。他征服的手段是凶残而狡诈的，但一旦征服完成，他能够稳定而公正的统治他的领地，所以他的统治比起政治混乱的小集团和地方暴君更可取。但他的成功主要是由于教皇的支持，当他的父亲去世他的事业也随之结束，无法再继续对意大利产生突出的影响。
