在魏晋时期新疆设立了西域长史府。
西域长史在行政上隶属于凉州刺史节度。在区域上西域长史府,西域长史府的规模,可能是介于郡、县之间,同时又具有军屯的特点。
由于距离的原因,以及当时中原地区战乱不止。对西域的节制管辖能力是很弱的。当时西域都护府不服从魏国(曹操)的管辖,几乎相当于一个独立政权,西域只是名义上的魏国领土。
三国时的新疆大部,是由乌孙、龟兹、疏勒、鄯善、车师后部等多个小国组成,统属西域长史府治下。西域长史在行政上隶属于凉州刺史节度。但由于凉州州治(武威)相对楼兰较远,实际上是受敦煌郡直接管辖。到了前凉时期,将西域长史归入沙州,成为内地行政组织的一部分了。