1、意思不同
不耻：指不顾羞耻不以为有失体面。
不齿：不愿意提到，表示极端鄙视。没有资格与他人序齿，表示没有资格与正常人并列。
2、出处不同
不耻：语出《公羊传·昭公十三年》：“公不见见，大夫执，何以致会？不耻也。”
释义：鲁成公既然不被晋厉公接见，鲁国大夫又被晋国拘捕，为什么还要记载鲁成公从沙随回来这件事呢？因为鲁成公并不感到耻辱。
不齿：语出《周礼·秋官·大司寇》：“其能改过，反于中国，不齿三年。”
释义：不与同列；不收录。表示鄙视。表示没有资格与正常人并列。
3、有法不同
不耻：一般不单用，可组成“不耻最后”、“不耻下问”等 ，多含褒义。如：不耻下问是一种传统美德，值得我们大家学习。
不齿：常用在“为……所不齿”格式中，含贬义。如：他为人奸滑懒惰，每次大扫除，总是避重就轻，很为同学们不齿。
参考资料来源：百度百科-不耻
参考资料来源：百度百科-不齿