常规PCR,目的是为了测16S,需要用荧光标记的引物来做PCR吗?

Question

如题所述

Answer 1

16S PCR 以查到很多通用引物的序列，直接按照这些序列设计引物即可扩增获得16S的序列。然后可以选择把PCR产物克隆到克隆载体上，选择1-3个克隆去测序，这样直接用克隆载体上的引物就可以进行测序。如果不想克隆，可以用扩增引物测序，但是没法拿到全长的序列，因为特别靠近引物的部分测得不是很准。另外，如果不做克隆，可能会有双峰，因为模板中如果有超过一个物种的话，测序结果很难读出来的。所以还是建议挑克隆去测序。
我所了解的16S相关的荧光标记，一般都是先用通用引物把16S扩增出来，再根据某些物种的保守区段设计带有荧光标记的探针，然后做杂交或Fish，做PCR完全没有必要，因为荧光标记价格也挺昂贵的，而且荧光更多是用来做检测，不是用来做测序的。

Answer 2

没有必要，荧光引物测16s 最主要的目的是用于后期酶切后的分型，如果只需要鉴定就使用普通引物就行

Answer 3

常规PCR用常规引物就可以。