佛教所谓的『本尊』有：一、根本主尊的意思：是指某一宗派或某一寺院的主要崇拜对像。又称为本师、本佛、主尊，或是为了有别於胁(月劦)侍、眷属等诸尊，而称为中尊。例如弥陀三尊就是阿弥陀佛、
观世音菩萨、大势至菩萨，我们都会看到阿弥陀佛立於中间，所以又有中尊之称。观世音菩萨、大势至菩萨在阿弥陀佛左右两侧，故称为胁(月劦)侍，因为数目为三，所以有三尊之称。其他如药师三尊出现时，会有
八大菩萨十二神将伴随，这称之为眷属。在禅宗寺院中，佛殿的本尊为
释迦牟尼佛。
净土宗的寺院，则以阿弥陀佛或弥陀三尊为本尊。二、所修法门所属的主尊：
藏传佛教(金刚乘)的修者，必须选择某一位佛、菩萨或护法，当成自己一生当中主要供奉、学习的主尊，并专门修学主尊的法门。这位主尊对修者而言，就是修持的本尊。通常本尊一经择定之後，一般而言都不会变动，所以是一件很慎重的事情，依循的方式如下：1.因缘：通常是老师供奉哪位本尊，学生跟著奉为自己修持的本尊。2.感应：例如有人对准提佛母感觉特别有灵应，那他就会以准提佛母为本尊。3.自主选择：现代人自主意识比较高，那他就会以选择自己想要修持的本尊来增进自己。通常是以和自己个性相近或弥补不足之处，为自主选择依循的方式。不管最後择定的本尊为何，但是深体本尊的法意和慈悲，以身口意专心致志修持本尊的法门，都是永远不变的最高法则！！