首先你的理解方式是错的，不能这样理解这个字有两种读音。
打个比喻，【钟】和【冲】里面中为什么有读zhong又读chong呢。
你的理解就相当于这种感觉。
【消(き)える】kieru和【消(け)す】kesu其实和上面的例子是一样的，他们两个分别都是单独的一个单词，你不能把【き】和【える】分开来看。分开了就不是这个单词了。【金字旁】和【中】字分开了还能算【钟】吗
所以，这是两个不同单词，读音不一样是正常的，我们不能只看汉字不看假名，在
日语里，假名也是文字，不是分开来看的。首先先纠正一下你的误解。
然后这两个词的区别在于一个是自动词，一个是他动词。
【消(き)える】kieru意思指【什么东西消失了，灭了，关了】，不随意志所控制，是自动词。
～が消える
电気が消えた【灯灭了】
音が消えた【声音消失了】
【消(け)す】kesu意思是指【把什么关闭，擦掉，抹掉等，使。。。消失】，是主管意识的行为，属于他动词。
～を消す
电気を消す【关灯】
痛みを消す【消除疼痛】
不安を消す【打消顾虑】
棒线を消す【擦掉竖线】
补充一下，【消】这个词还有一个读音，上述两种是训读。
还有一种音读，读【しょう】
【消费しょうひ】syohi
【消耗しょうもう】syomo
希望对你有帮助。