在高速公路服务区停车休息的时间是不受限制的，但是要注意高速公路的超时费规定。
超时费主要是为了防止换卡、逃费等违法行为而设立的一种制度。虽然在服务区和处理交通事故的时间可以从超时时间里扣除，但是驾驶员还是需要及时办理相关手续，以免被误认为是超时行驶。
根据《道路交通安全法》的规定，我国高速公路的最低车速一般为60km/h，这一标准已经为驾驶员预留了足够的时间，包括休息和加油的时间。如果驾驶员需要更多的休息时间或者因为加油、维修等原因需要延迟行驶，只要收费站确认凭证后有相应的车票，就不会被算作超时行驶。
因此，在高速公路服务区停车休息的时间没有具体限制，但是为了避免不必要的麻烦，驾驶员还是应该及时办理相关手续，确保自己的行驶符合规定。