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学校学科特色明显，基础扎实，科技创新能力不断提升。中医临床基础为国家重点学科;拥有省部级重点学科42个，其中浙江省“十二五”重中之重一级学科2个、重中之重学科1个，国家中医药管理局重点学科25个，浙江省“十三五”“一流学科建设工程”项目9个 。建有以血液病为重点研究病种的国家中医临床研究基地。
拥有国家中医药管理局协同创新中心1个、国家中医药管理局重点研究室3个、国家中医药科研重点实验室 10个、浙江省重点实验室4个、浙江省“2011协同创新中心”1个，浙江省公共科技条件平台2个、浙江省重点科技创新团队4支。获国家科技进步奖、国家技术发明奖5项，浙江省科学技术一等奖7项。
办有《浙江中医药大学学报》、《浙江临床医学》2种学术期刊，其中《学报》是全国对外发行最早的中医学术刊物之一，在20多个国家和地区发行，被美国《化学文摘》、波兰《哥白尼索引》等国际著名检索系统收录。先后与丽水市、磐安县、嘉善县、甘肃省渭源县、江西省樟树市等地开展产学研战略合作，积极服务地方经济社会和中医药事业发展。