电算化会计信息系统内部控制存在的问题主要表现为 ：
1.数据处理的集中性削减了传统的内部控制制度
在会计电算化信息系统中，所有的数据处理都是由会计软件在计算机中自动处理，任何会计人员甚至有的外部人员都可在计算机上浏览会计信息，甚至可以修改、破坏会计信息资料和系统数据，这就给数据的安全带来了一定的威胁。虽然每个操作员都设置了权限和口令，并且各自的口令都应保密，但是有的单位对操作员的权限管理比较松懈，一个操作员可以以不同的身份进入系统并进行不同的操作，使岗位责任制名存实亡。手工会计系统中，会计人员之间的联系是直接的，由于岗位的不同和笔迹的不同，自然形成了相互制约、相互监督的内控体系。而在电算化会计信息系统中，原来的人与人之间的联系，部分的转变为人与计算机的联系，通过计算机使犯罪更加隐蔽，后果更严重。
2.会计电算化系统的安全和保密性差
财务资料是单位的绝对秘密文件，在很大程度上关系单位的发展和存亡。在会计电算化系统中，所有的会计数据和程序文件都保存在计算机中，会计工作的正常运行也完全依赖于计算机系统的稳定和安全，一旦出现断电、病毒发作、错误操作、火灾、水灾、盗窃等意外事故，就会造成数据丢失，甚至系统瘫痪，而一旦数据丢失，后果不堪设想。
3.会计档案的管理没有落实到位
实行电算化后的会计档案除包括凭证、账簿、报表外，还包括软盘、光盘等存储介质和软件开发运行中编制的各种文档和程序。目前大多单位对磁性存储介质的管理还不重视，认为会计档案主要是凭证、账表等直观的资料。
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