按《中华人民共和国合同法》第223条规定：承租人应当妥善保管租赁物，因保管不善造成租赁物毁损、灭失的，应当承担损害赔偿责任。故这一问题涉及两个事项，一是租赁费的支付，二是遗失资产赔偿。
租赁费虽然一次支付，会计上还是应该按租赁期限分期确认收入，可以视情况选择采用租赁期间平均法或实际利率法确认各期的实际租赁收入，同时将各期计提的租赁资产折旧作为相应的成本。
公司发现固定资产遗失时，按约定将遗失资产尚未确认收入的剩余租金视为赔偿款。会计上应按固定资产清理程序进行处理，将固定资产原值、折旧和所确定的赔偿款分别计入固定资产清理。因为甲公司之前已经将租金一次性确认收入，应该按前期差错予以调整。如果判定属于非重大差错，可以不予调整租金收入，而只将固定资产原值和折旧转入固定资产清理，并将差额计入当期损益。
公司在税务上需要注意按财产损失税前扣除的相关规定收集和提供资料，如果能按要求提供有效、完整的损失证明材料，则可以按财产损失处理。如果不能提供，则可能要把其视为销售自己使用过的固定资产对待，而销售价格不能确定或者被认为明显不合理的，主管税务机关将有权按照税法（企业所得税法及其实施条例、增值税暂行条例及其实施细则等）的相关规定核定。