2005年9月16日，是华源集团公司历史上转折的一天。由于贷款偿还逾期，华源集团遭遇了上海银行、浦发银行等十几家机构的诉讼，涉及金额12.29亿元。当日，上海二中院裁定冻结华源集团及担保单位中纺机集团银行存款1.14亿元，并查封冻结了华源集团持有的上海医药集团40%的股权及相关权益。之后，华源旗下3家上市公司的股权陆续遭到冻结。
随后，上海市国资委试图对华源进行重组。方案是前者将所持上海医药集团（下称上药集团）30%股份转给华源，加上此前华源已持股上药40%，股权受让后将增持至70%，从而占绝对控股地位；而作为交换，上海市国资委及其控股企业将增持华源集团股份，达到绝对控股。由此，华源集团将由央企转为上海市国资委下辖企业。
最终，这一方案未能得到国务院国资委同意。后者期望以自身资源增持华源，在进一步加强企业控制权的基础上重组华源。
2005年11月，国资委决定由其“钦定”的央企资产重组和资本运作平台——中国诚通控股公司出面，重组危机之中的华源。在国资委的安排下，诚通拟向国家开发银行贷款50亿元进行重组。不过由于自身实力有限，诚通很快退场。 2006年春节刚过，国务院国资委临阵换将，华润登场。与诚通相比，华润虽非国务院国资委“钦定”的首批两家国有资产运营公司试点，但拥有10倍于诚通的总资产规模，且具有与华源医药、纺织主业较为匹配的产业结构。
作为总部设立于香港的大型央企，华润集团总资产达1400亿港元之巨，纺织业是其主营业务之一，旗下的华润纺织（集团）有限公司从事纺织品、服装生产及分销，与华源的纺织板块具有互补性。
在医药方面，华润近几年一直力图打造医药集团，华源医药板块是其最为青睐的目标，尤其是华源集团参股的上海医药集团和北京医药集团，是国内少有的优质医药资产。
2006年2月16日，华源集团董事会最终同意华润控股公司70%的重组方案；次日，华源系数家上市公司纷纷公告了这一消息。 2006年3月8日至9月25日之间，华源集团20家股东和金夏投资集团（中国）有限公司签订了股权转让协议，将其持有的91.662%的股权转让给金夏投资。
2006年11月23日，金夏投资与华源资产管理有限公司签订了股权转让协议，金夏投资将其受让的华源集团91.662%的股权和本身持有的华源集团8.338%的股权全部转让给华源资产。
2006年11月30日，S华源发（600757.SH）、S华源（600094.SH）、中西药业（600842.SH）、S*ST源药（600656.SH）、凯马B股（900953.SH）、上海医药（600849.SH）、万东医疗（600055.SH）、双鹤药业（600062.SH）8家上市公司同时发布公告，宣告中国华源集团有限公司的重组已有正式结果。
2006年12月19日，华润集团核心企业华润股份公司从华源集团下属华源生命产业有限公司手中以20亿元受让了北京医药集团50%股权。北京医药集团控股两家上市公司：双鹤药业（600062.SH）和万东医疗（600055.SH）。
2007年1月19日，华源发布公告称，中国华源集团有限公司股东变更为华源资产管理有限公司的股权事项获得商务部批准。
此次股权转让完成以后，华源资产将持有华源集团100%的股份，中国华润总公司则间接持有华源资产70%的股权。按照双方约定的持股比例，华润集团和鼎晖将分别在重组后的新华源集团中持股70%和30%，全新的“华润+华源”组合将拥有近2，000亿元的总资产。 此次收购的主体华源资产是一家在英属维尔京群岛注册成立的有限责任公司，从事投资控股业务，公司的实际控制人为中国华润总公司，公司其余30%的股权由CDH Golden Elephant Limited持有。而CDH Golden Elephant Limited%的实际控制人为鼎晖投资。
而私募股权基金的操作思路就是通过运作公司在海外上市来获利。从收购主体的安排来看，华源资产是一家离岸公司，这将为华源资产的后续私募融资与海外上市奠定良好的基础。 国务院国资委之所以最后锁定华润，有几方面的原因。首先，华润的资金实力较强；其次，华润和华源的产业匹配比较好，都有医药和纺织企业；再者，华润本身有一套较好的企业文化和管理理念。华润在过去几年中，高举收购大旗，在电力、医药、化工、纺织、水泥、零售等行业频频出手；背靠香港资本市场，华润在融资、整合企业方面更具优势。因此，无论是企业规模还是行业关联以及资本运作经验，华润较诚通都应该是更胜一筹。
华润重组华源虽然不是华润的一次市场并购行为，而是在国务院国资委直接推动下的并购；但对于华润而言，却是其渴求已久的打造医药产业平台的良机。华润从2000年即已开始进入内地医药产业收购。不过，相比啤酒和地产收购而言，华润在医药上的收购好事多磨。2005年，华润2.9亿出售了云药股权，退出了对云药控股权的角逐。此前华润还相继退出东北制药、山东鲁抗、上药集团、华北制药的收购，倾心于医药产业的华润每每失之交臂。直到2005年底，随着对东阿阿胶的成功控制，华润总算在医药产业有了自己的根据地。
华润的重组可能会将双方医药资源进行整合，这成为华润打造医药航母的契机，而上药集团和北药集团将有可能成为华润打造医药产业一南一北的两大平台。华润的版图也由原来的日用消费品制造与分销、地产、基础设施及公用事业三大领域，扩张至金融、医药及纺织。 随着华源股权收购的尘埃落定，华源集团的整合大幕将由此开启。
2006年11月14日，华润集团宣布了入主华源集团后管理层的首次变动，新华源将首次实行双总裁制，华润集团董事阎飙和华源集团原总裁张杰将同时出任新华源的总裁。作为央企史上首次实行的双总裁制，阎飙负责集团的投资事宜，而张杰负责集团的具体运营工作。同时，华润集团副总裁乔世波任华源集团党委书记及CEO，华润集团财务副总裁魏斌担任华源集团财务总监。华润集团企业发展部的钟义、刘德君与华源集团原副总裁吉群力等5人出任华源集团副总裁。
2007年将是华源集团实施战略重组方案关键的一年，债务重组和扭亏增盈是全年两大核心工作。华润拟从以下几个方面对华源进行整合：
一是要千方百计推进债务重组，化解债务危机。
二是要进行管理变革，建立扁平化组织体系，全面关注业务，利润中心要全面推行6S管理体系。
三是继续推进医药平台打造，整合华源内部优质医药资源、华润现有医药资源及央企其它医药资源、国内其它优质医药资源的业务发展平台。
四是纺织产业将按华润集团的统一战略，与华润纺织统一整合。对经营较好的纺织企业，予以积极的支持和保护。
五是积极稳妥退出非主营业务和资产，对难以通过重组提升价值的资产或企业，要采取出售、股权（产权）转让、清算、合并、分立、债务重组和破产等方式进行处置，实现有序退出。
六是加强团队建设，培养业绩文化、诚信文化。诚信对待客户，诚信对待员工，诚信对待股东，重塑华源的良好形象。
七是努力维护稳定局面。稳定是集团各级经理人、各级企业党委、工会的重要工作。各企业要充分依靠当地政府及有关部门共同维护企业稳定与发展。
