当然会影响退税，必须尽早修改，错过退税期限对这次交易是一笔较大的损失。出口退税进货发票的项目一定和报关单一致，一般的一张报关单所能申报的项目为五项，如果发票的项目超出五项，就需要加长报关单啦(增加报关单的页数)，每加一项都需要一定的费用。报关单的留存联与退税联不一致，可能是公司留的是初始的报关单的留存联，当报关公司申报时，发现发票项目过多时，会与公司沟通采用加长报关单，这样原来留存的报关留存联就会少了一些项目。只要是退税联审核通过，有盖海关完讫单就表示可以退税。因为退税联是由报关公司退回的，所以应该没问题，因为有问题货也出不去。出口退税报关单金额与发票金额不一样，可以让外贸部将发票金额改成同报关单的一致或者把报关单的金额拿来变更。不够变更报关金额非常麻烦，直接要变动发票的金额同报关单一致即可。如果报关单上的经营单位是贸易型企业，不具有生产加工功能，就要求报关单上的品名和增值税发票品名必须保持一致，不仅品名，规格、型号、品牌等信息也需要保持一致的，否则将会影响退税;如果报关单上的经营单位是生产型企业，具有生产加工功能，这种一般供应商开具的都是原材料或半成品发票，通过生产加工做成成品销售报关，此种情况报关品名可以和增值税发票品名不一致的，也不会影响退税，是允许的也是客观存在的。《国家税务总局关于外商投资企业的外国投资者再投资退税若干问题的通知》各省、自治区、直辖市税务局，各计划单列市税务局，海洋石油税务管理局各分局:根据外商投资企业和外国企业所得税法(以下简称税法)第十条及税法实施细则(以下简称细则)第八十条、八十一条和第八十二条的规定，现对外商投资企业的外国投资者享受再投资退税的有关问题，明确如下:一、税法第十条所说“经营期”应按下列原则计算:外商投资企业的外国投资者将从企业取得的利润直接再投资于本企业或已开始生产、经营(包括试生产、试营业)的其他外商投资企业的，应从再投资资金实际投入之日起计算;再投资开办新的外商投资企业的，应从新办企业开始生产、经营(包括试生产、试营业)之日起计算。二、根据细则第八十条第二款的规定，外国投资者在申请再投资退税时，应提供能够确认其用于再投资利润所属年度的证明。凡不能提供证明的，税务机关可就外国投资者再投资前的企业帐面应付股利、或未分配利润中属于外国投资者应取得的部分，从最早年度依次往以后年度推算再投资利润的所属年度，并据以计算应退还的企业所得税税款。三、外国投资者将从外商投资企业取得的清算所得用于再投资，不得享受再投资退税的优惠。四、根据细则第八十一条第三款的规定，凡有下列情形者应当缴回已退税款的60%:1、外国投资者再投资举办或扩建产品出口企业，自开始生产、经营之日起三年内，或在再投资资金投入后三年内，该企业均没有达到产品出口企业标准的;2、外国投资者再投资举办或扩建先进技术企业，在企业开始生产、经营或资金投入后3年内，经考核不合格被撤销先进技术企业称号的。五、外国投资者异地再投资，原纳税地税务机关在根据细则第八十条第三款的规定办理退税时，应同时向接受再投资企业所在地的税务机关寄送《外国投资者异地再投资已退税通知单》。凡经接受再投资企业所在地的税务机关审查认定，外国投资者属于税法第十条所说再投资后经营期不满五年撤出的，或者属于细则第八十一条第三款所述情况的，外国投资者应向接受再投资企业所在地税务机关办理缴回或部分缴回已退税款手续。六、本通知自文到之日起执行。过去规定与本通知不一致的，按本通知执行。
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