苏州大学东吴商学院高度重视科研工作，视学科建设为发展核心。学院拥有四个一级学科，包括应用经济学博士点和博士后流动站，涵盖10个硕士学位点和5个专业硕士学位点。金融学和会计学为省级重点与特色学科，2011年，应用经济学一级学科被评为省级重点学科（信息来源于学院2013年官网[11]）。
学院积极鼓励教师进行科研创新，设立了“东吴商学院青年教师科研资助项目”，并实施“科研贡献奖励暂行办法”和“研究生论文奖励试行办法”，以提升高质量科研成果的奖励力度。学院科研经费和学术论文发表数量稳步提升，设有乡镇经济研究所、世界经济研究所等多家科研机构，每年举办国际和国内学术会议，承担了200多项国家级、省级和市级科研课题，出版专著235本，发表学术论文1000多篇，并荣获多项科研成果奖，如2011年荣获苏州大学科研优秀组织奖（信息来源同上）。
学院注重学术论坛建设，如苏州信托商学大讲坛和东吴MBA大讲坛，邀请国内外知名学者和企业高管进行学术交流。2012年的科研获奖丰富多样，包括货币政策传导有效性研究、企业创新绩效分析等多个领域的研究，部分成果获得了教育厅、社联奖和省政府奖等不同级别的奖项。此外，学院还关注研究如低碳生产转型、国际贸易政策等热点课题，展示了学院在科研领域的广泛影响力（资料来源2013年官网[12]）。
苏州大学东吴商学院前身为1982年苏州财校并入苏州大学时成立的财经系。1985年6月经江苏省人民政府批准，由省财政厅参与投资建设更名为苏州大学财经学院，也是苏州大学建立最早的二级学院。2002年更名为苏州大学商学院。2010年4月苏州大学与东吴证券股份有限公司签订协议共建苏州大学商学院，更名为苏州大学东吴商学院。学院下设7个系科，3个研究所和企业创新和发展研究中心、MBA中心。拥有博士后流动站1个（应用经济学），一级博士授权点1个（应用经济学），二级博士授权点4个，硕士点15个，学院拥有金融学、财政学、会计学、经济学、工商管理、财务管理、电子商务、国际经济与贸易、市场营销9个本科专业和国际会计（CGA）专业方向；金融学为省级重点学科、省级品牌专业，会计学专业为省级特色专业。（以上资料于2013年摘自该学院官网[1]）