A、被子植物的营养器官（根、茎、叶）和生殖器官（花、果实、种子）的形态结构特征，都可作为分类的依据．但主要以花、果实和种子作为主要依据．因为生殖器官比营养器官在植物一生中出现得晚，生存的时间比较短，受环境的影响比较小，形态结构也比较稳定．不符合题意． B、根据种子外面有无果皮包被着，把种子植物分成裸子植物和被子植物两大类，被子植物的种子外面有果皮包被，能形成果实；被子植物的种子外面无果皮包被，裸露，不能形成果实．符合题意． C、在地球上最早出现的是古代的鱼类，并逐渐进化为原始的两栖类，古两栖类又进化为爬行类，某些爬行类又进化为原始的鸟类和哺乳类．所以脊椎动物进化的大致历程是：原始鱼类→原始两栖类→原始爬行类→原始鸟类和哺乳类．不符合题意． D、植物的进化历程：原始藻类植物→（原始苔藓植物和原始蕨类植物）→原始的种子植物（包括原始裸子植物和原始被子植物），不符合题意． 故选：B
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