研究院有12个所，名称如下：
1、中国工程物理研究院流体物理研究所、中国工程物理研究院核物理与化学研究所、中国工程物理研究院化工材料研究所。
2、中国工程物理研究院总体工程研究所、中国工程物理研究院电子工程研究所、中国工程物理研究院机械制造工艺研究所。
3、中国工程物理研究院材料研究所、中国工程物理研究院激光聚变研究中心、中国工程物理研究院北京应用物理与计算数学研究所。
4、中国工程物理研究院应用电子学研究所、中国工程物理研究院计算机应用研究所、中国工程物理研究院上海激光等离子体研究所。
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