南京下辖玄武、秦淮、建邺、鼓楼、栖霞、雨花台、江宁、浦口、六合、溧水、高淳等11个区。全市行政区域面积6587.02平方公里。
1.宣武区
是南京的核心城区，总面积75.46平方公里。辖7个街道、59个社区，常住人口60.02万，户籍人口47.75万。是南京市委、市政府和多个省市机关所在地，也是东部战区、东部战区空军等部队的总部所在地。辖区内山川秀美，紫金山、玄武湖占全区近50%，全区绿化覆盖率达61.91%。历史底蕴深厚，十朝帝王宫殿、园林多建于此，明陵、中山陵、总统府等历史文化遗迹闻名中外。
2.秦淮区
2013年2月17日，国务院正式批复同意南京市调整部分行政区划的请示，同意撤销南京市秦淮区、白下区，设立新的南京市秦淮区，原秦淮区、白下区行政区域为新的秦淮区行政区域，秦淮区人民政府设在五老村街道太平南路69号。3月28日，秦淮新区正式揭牌。
秦淮新区位于南京主城东南部，南京四大主城区之一，面积49.11平方公里。东临江宁区方上，西接秦淮河，外接建邺区，北接中山东路、汉中路，北接玄武、鼓楼，南以雨花东路、卡子门街与雨花台区接壤。
3.建邺区
位于南京主城区西南，秦淮河以东，长江以西，秦淮新河以南，汉中门大街以北，面积83平方公里。现辖6个街道(办事处)60个社区，常住人口约47.26万，总人口约60万。
区内有素有“金陵四十八景”之首的莫愁湖、中国“三大名锦”之一的中国织锦，以及南京奥体中心、江苏大剧院、绿化博览会、侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆等历史文化资源。建邺作为南京的中心城区之一，是一个既古老又年轻的城区。
4.鼓楼区
位于长江下游南岸，南京市西北部，是南京市中心城区之一，江苏省委、省政府、省人大常委会和CPPCC所在地。拥有南京主城11公里黄金长江岸线。东中央路、中山路、窑上村十字街为界，分别与宣武区、栖霞区相邻。
以南汉中路、汉中门大街、集庆门大街西段(西至清河路，东至规划中的燕山路北段)为界，分别与秦淮区、建邺区接壤；西部和北部以长江为界，面向浦口区。行政区域54.18平方公里。