经过了汉朝的外交风云、唐朝的兵败怛罗斯，清朝终于彻底地将西域纳入自已的统治之下，即使在王朝末世也没有放弃。
公元1880年，在大清帝国的西北重镇肃州城里，仿佛正在进行一次盛大的阅兵式。“左恪靖军”大旗在队伍前面迎风招展，各家将字旗号和营旗随后飘扬。主帅左宗棠在八百铁骑簇拥护卫之中，骑乘一匹白马，神情凛然。他的身后，八个彪形大汉抬着一口黑漆棺材，是为他自己准备的，威风而悲壮。数万老百姓围观，指点着队伍中的左大帅说:“三国演义里庞德抬着棺材战关公，大概就是这个模样。”
左宗棠带着这口棺材已经在天山南北征战了四年之久。大清帝国的先帝们曾经在这里如犁庭扫穴一般平灭了一切敢于藐视中央权威的力量，并且给这个古称“西域”的地方取了一个新名字—“新疆”。而左宗棠要做的就是将这片“故土新归”的疆域牢牢守住。
准噶尔汗国的挑战自从唐军撤离西域之后，中原王朝的身影在天山南北消失了很久。公元1644年，清军铁骑长驱直入，在中华大地上建立起一个新的王朝。这是一个抱负远大的王朝，决心要将中华帝国的故土全部统一起来。当雄才大略的康熙皇帝登上王位，干净利落地平定三藩、收复台湾之后，重返西域的时候到了。
不过此时统治西域的漠西蒙古却对清王朝报以轻蔑的态度。13世纪蒙古帝国兴起之后的近500年里，这里一直是蒙古人的乐土。他们的大汗噶尔丹刚刚将天山南北收入囊中，兵力强盛。重返西域?蒙古人还想牧马中原，重建大蒙古帝国呢。
公元1688年，野心勃勃噶尔丹率领10万大军越过阿尔泰山，横扫漠北蒙古各部，兵锋距北京只有700里。他向康熙致函说:“你做南方的皇帝，我做北方的君长。”倔强的康熙皇帝不能容忍这等侮辱，下令御驾亲征。
双方在呼伦贝尔草原的乌兰布通决战。噶尔丹见四野茫茫，无险可依，便下令部众将所有的骆驼拉来，首尾相接，围成一个大圈，把它们四蹄捆绑起来不能动弹。然后将所有毡、毯、皮裘等物被盖在骆驼身上，再浇上些水，以抵御清军的攻击。这就是“驼城”。’果然清军长兵失灵，箭矢无效。而伏在驼城内的准噶尔军，凭借骆驼的保护却可以射杀清军。清军立即改变战术，将所有火器调到一线，集中轰其一点。一声令下，枪炮齐发，声震天地。骆驼毕竟是有血有肉的动物，哪怕被捆住了四蹄，也被吓得乱蹦乱跳乱滚乱窜。驼城顷刻瓦解，清军乘机攻入，噶尔丹大败而逃。
这一战标志着世界军事史上火器时代的真正来临，也标志着游牧民族对中原农耕社会持续千年的主动进攻走到了历史的尽头。此后10年中，康熙又两次亲征。噶尔丹左右的亲信逃的逃，降的降。无论噶尔丹把营帐扎在哪里，都不断地收到告急的警报，弄得他疲于奔命，最终在绝望中服毒自尽。
黑水营的传奇噶尔丹被平定了，但从准噶尔贵族手中解脱出来的天山以南地区并未就此太平，因为“大小和卓”之乱旋即又起。“和卓”是阿拉伯语的译音，意为“圣人的子孙”，被西域穆斯林视为领袖。当噶尔丹的蒙古骑兵横行天山南北的时候，有两个和卓兄弟沦为阶下囚。清军将他们解救出来，让他们统治天山以南地区，这就是历史上的“大小和卓”。