剧情：实际上刺客的剧情十分好懂，这是一个未来的科幻故事，主角不是Altair ，是一个叫Desmond Miles的酒吧服务生，Altair是他的祖先，邪恶的Abstergo试图把他在基因里关于Altair的记忆提取出来（目的是寻找古代神器的下落），最关键的一段记忆无法提取，说是被Desmond的潜意识挡住，所以只能让他回想之前和之后的事刺激他想起那段记忆，因此游戏都是Desmond的梦境，或者说是关于以前他祖先Altair的记忆，所以游戏到处是化学结构式和DNA链。
古代圣堂骑士和刺客部落的争斗一直延续至今，Desmond Miles作为刺客后代一员被Abstergo公司绑架后逼迫其回忆祖先的记忆（此公司由圣堂骑士的后代组成，为达目的却不择手段；他们试图通过控制人类的意识和杀掉那些不被他们能力影响的人，让世界得到和平。Abstergo在拉丁文里解作"净化"。），公司的目的是找到一种叫伊甸园碎片的神器，并试图查出其它几个碎片的位置，这种神器有很多个，记忆中Altair的师父Mualim在游戏一开始得到的那个东西就是其中之一，这种神器的力量是给人幻觉（精神控制，统治世界的关键手段），公司的原计划是试用利用主角来找寻和取得那些远古神物。然后它们发射到太空中，在低轨道上运行并替所有人洗脑。但Altair和Desmond Miles作为刺客部族有一种特殊的能力，就是看穿一切幻觉和谎言，所以整个游戏Mualim在控制Altair的时候困难重重，Altair也几次在任务中质疑任务本身，最终Altair自己悟出（不是完全自己悟出，有一些人的帮助）真相，游戏终章和Mualim决斗，Mualim再次试图用神器控制Altair，结果还是没有鹰之视野强大，最终失败。
那游戏中为何Mualim要让Altair去杀九个跟第三次十字军东征有关的人物？原因也很简单，实际上耶路撒冷地下神殿里的神器是由十个人发现的（从最后一个猎物Robert口中得知）， 师父是其中的一个，把其他九个杀了自己独吞岂不快哉？于是决定利用自己手下最强的刺客Altair，借口阻止邪恶的东征（这些人的确跟东征有关，同时他们也不是好人），实际是想灭口，但忽视了Altair刺客本能的强大是其如意算盘落空的原因。在游戏的最后Desmond由于一种叫The Bleeding Effect的奇怪理论，力量觉醒，有了鹰之视野的技能，看到整个实验室都是自己的刺客同胞被捉起来虐待，死前留下的血书，很多都是圣经里的东西。（有中文，难道有中国刺客.......）
最终Desmond依然没有逃脱（最远能进会议室，看看桌子上电脑里的电邮而已 ），最后是生是死也没有交代，这些要看刺客信条的后两代了
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