内蒙古自治区地质矿产勘查开发局成立于1956年，原称地质部内蒙古自治区地质局，由地质部直接领导。1958年中央决定将地质局下放到各省管理，1963年又改由地质部垂直领导，1970年再次下放到自治区，实行双重领导以自治区管理为主，1980年又改为以地质部为主的双重领导体制。1994年，国务院机构改革实行政事、政企分开，将内蒙古地质矿产局分为内蒙古自治区地质矿产厅和地矿部内蒙古地质矿产勘查开发局，内蒙古地矿厅为自治区政府地矿行政主管部门，地勘局仍实行以地矿部为主的双重领导体制。1999年6月，正式由国土资源部划归自治区人民政府管理，并更名为内蒙古自治区地质矿产勘查开发局，由国土资源厅归口管理，为正厅级事业单位。
2005年初，内蒙古自治区地质矿产勘查开发局被列为自治区事业单位改革试点单位之一，按照自治区党委政府和国土资源厅关于地勘单位深化内部企业化改革组建集团公司的战略部署，在全局全面推进内部企业化改革。2006年初，在内蒙古自治区地质矿产勘查开发局的基础上正式组建内蒙古自治区地质矿产（集团）有限责任公司，完成公司机构的组建，于2006年7月28日，正式挂牌。目前全局自上而下按照事企两种管理和运行模式运行，建立健全了考核体系、分配制度等管理制度。离退休人员已经费单列，单独建帐管理。所属六所子弟小学移交地方管理。现正在办理集团公司和子公司注册工作。
目前集团公司下属24个子公司，其中从事综合地质工作的子公司13个，水文地质工作的3个，地质测绘工作的1个，矿产实验研究测试的1个，企业2家，3个直属公司，分布在全区各盟市。集团公司共有职工15664人，其中在职职工7766，离退休职工7898人。
根据《中共中央、国务院关于内蒙古自治区人民政府机构改革方案的通知》（中委[2000]34号）精神，组建自治区国土资源厅。国土资源厅是主管土地资源、矿产资源等自然资源的规划、管理、保护与合理利用的自治区人民政府组成部门。
国土资源厅的主要职责是：
（一） 贯彻执行国家关于国土资源、测绘管理的方针、政策和法律、法规，研究拟定自治区有关法规、条理。组织草拟土地资源、矿产资源等自然资源管理的规章；依照规定负责有关行政复议；研究拟定管理、保护与合理利用土地资源、矿产资源等政策和办法；制订土地资源、矿产资源、测绘管理的办法。
（二） 组织编制和实施国土规划、基础测绘规划、土地利用总体规划及年度计划和其他专项规划；参与报自治区政府审批的城市总体规划的审核，指导、审核地方土地利用规划；组织矿产资源的调查评价，编制矿产资源保护与合理利用规划、地质勘查规划、地质灾害防治和地质遗迹保护规划。
（三） 监督检查各级国土资源主管部门行政执法和土地利用、矿产规划执行情况；依法保护土地、矿产资源所有者的合法权益，承办并组织调处重大权属纠纷，查处重大违法案件。
（四） 拟定实施耕地特殊保护和土地开发政策，规划和指导生态退耕，实施农地用途管制，组织基本农田保护，指导未利用土地开发、土地整理、土地复垦和开发耕地的监督工作。
（五） 组织实施地籍管理办法，组织土地资源调查、地籍调查、土地统计和动态检测；指导土地确权、城乡地籍、土地定级和登记等工作。
（六） 按规定组织实施土地使用权出让、租赁、作价出资、转让、交易和政府收购管理及临时用地管理，贯彻执行国有土地划拨使用目录指南和乡镇苏木、村嘎查用地管理办法，指导农牧区集体非农土地使用权的流转管理。
（七） 指导基准地价、标定地价评测，审定评估机构从事土地评估的资格，确认土地使用权价格。承担须经国务院、 自治区人民政府审批的各类用地的审查、报批工作。
（八） 依法管理矿产资源探矿权、采矿权的审批登记发证和转让审批登记；负责矿产资源开发利用、保护的监督管理；依法审核对外合作区块；承担矿产资源储量管理工作，管理地质资料汇交；依法实施地质勘查行业管理，审查确定地质勘查单位的资格，管理地勘成果；负责矿泉水、地热水的开采管理；依法管理矿产资源补偿费等费用的征收和使用；按规定审定评估机构从事探矿权、采矿权评估的资格，确认探矿权、采矿权评估结果。
（九） 组织编制自治区基础测绘和重大测绘项目规划，实施测绘行业管理，进行测绘资格审查。
（十） 组织监测、防治地质灾害和保护地质遗迹；依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作，监测、监督防止地下水的过量开采与污染，保护地质环境；认定具有重要价值的古生物化石产地、标准地质剖面等地质遗迹保护区。
（十一） 安排并监督检查财政拨给的地勘费和其他资金。
（十二） 组织开展土地资源、矿产资源和测绘技术的对外合作交流；推进科技进步，推广科技新成果。
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