各级财政部门、各预算部门进行财政资金绩效评价工作一般应按照以下程序进行：
第一、确定绩效评价对象
绩效评价对象由各级财政部门和各预算部门（单位）根据绩效评价工作重点及预算管理要求确定。预算部门年度绩效评价对象由预算部门结合本单位工作实际提出并报同级财政部门审核确定，也可由财政部门根据经济社会发展需求和年度工作重点等相关原则确定。
第二、下达绩效评价通知
各级财政部门和各预算部门（单位）在实施具体评价工作前，应下达评价通知，内容包括评价任务、目的、依据、评价时间和有关要求等。
第三、确定绩效评价工作人员
由财政部门、被评价对象主管部门或负责单位及财政部门聘请的专家、中介机构等第三方组成绩效评价组织机构，负责绩效评价工作的组织领导。财政部门应当对第三方组织参与绩效评价的工作进行规范，并指导其开展工作。
第四、制订绩效评价工作方案
财政资金绩效评价方案由财政资金绩效评价组织机构根据评价对象的特点，拟定具体工作方案。工作方案的基本内容包括：评价对象与负责人、评价目的、评价的依据、评价指标、评价标准、评价工作的时间安排、拟采用的评价方法、拟选用的评价标准、需要被评价对象及单位准备的评价资料及相关工作要求。
第五、收集绩效评价相关资料
评价小组根据需要，采取要求被评价对象单位提供资料、现场勘查、问卷调查与询问等多种方式收集基础资料。基础资料包括绩效评价对象的基本概况、财务信息、统计报表、财政资金使用情况、绩效自我评价报告等。
第六、对资料进行审查核实
对于收集的基础资料和相关数据，绩效评价小组成员应当深入实地核实有关数据的全面性、真实性，进而整理出可供财政资金绩效评价之用的相关资料和基础数据。
第七、综合分析并形成评价结论
评价资料整理出后，评价小组按照评价方案的要求进行评价工作，并作出评价的初步结论，该结论经评价单位审核后作为提交评价报告的依据。如果在评价工作中遇到疑难问题，可以聘请有关专家予以论证。
第八、撰写与提交评价报告
评价报告是评价工作的成果，也是对被评价对象财政资金绩效情况的结论性报告。财政部门和预算部门开展绩效评价及财政资金具体使用单位应当按照本指南的规定提交绩效报告。预算部门应当对绩效评价报告涉及基础资料的真实性、合法性、完整性负责。财政部门应当对预算部门提交的绩效评价报告进行复核，提出审核意见。
第九、评价结果反馈
制定评价结果反馈通知书，及时将绩效评价结果反馈到预算单位，与预算单位就绩效评价结果进行积极的沟通，进一步完善评估报告。预算单位根据绩效评价结果，就有关问题积极整改，进一步完善管理制度，提高管理水平，规范支出行为，降低支出成本，增强支出责任。
第十、建立绩效评价档案
绩效评价工作完成后，绩效评价实施机构应进行工作总结，将工作背景、基本情况、初步结论、审核认定结果、评价工作过程中遇到的问题及政策与制度完善建议以书面材料等形式，上报绩效评价组织机构备案。绩效评价组织机构应妥善保管有关资料，建立财政资金绩效评价档案。对于涉及专项资金使用或工程项目的财政资金绩效评价报告及相关数据，应当建立项目库，进行动态性管理，以备对项目后续绩效的进一步评价。
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