主要从地位、历史和特色三个 方面进行比较。
一、地位
清华大学（Tsinghua University），简称“清华”，由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，位列“211工程”、“985工程”、“世界一流大学和一流学科”，入选“基础学科拔尖学生培养试验计划”、中国大学校长联谊会、亚洲大学联盟、环太平洋大学联盟、清华—剑桥—MIT低碳大学联盟成员，被誉为“红色工程师的摇篮”。
哈尔滨工业大学（Harbin Institute of Technology），由中华人民共和国工业和信息化部直属、中央直管副部级建制，位列国家首批985工程、211工程、卓越大学联盟、全球能源互联网大学联盟、全国深化创新创业教育改革示范高校，首批设有研究生院、拥有研究生自主划线资格的高校，是一所以理工为主、多学科协调发展的全国重点大学。
二、 历史
清华大学的前身清华学堂始建于1911年，校名“清华”源于校址“清华园”地名，是清政府设立的留美预备学校，其建校的资金源于1908年美国退还的部分庚子赔款。1912年更名为清华学校。1928年更名为国立清华大学。1937年抗日战争全面爆发后南迁长沙，与国立北京大学、私立南开大学组建国立长沙临时大学，1938年迁至昆明改名为国立西南联合大学。1946年迁回清华园。
1949年中华人民共和国成立，清华大学进入新的发展阶段。1952年全国高等学校院系调整后成为多科性工业大学。1978年以来逐步恢复和发展为综合性的研究型大学。
哈尔滨工业大学学校始建于1920年，1951年被确定为全国学习国外高等教育办学模式的两所样板大学之一，1954年进入国家首批重点建设的6所高校行列（京外唯一一所），是新中国第一所毕业生直接被授予工程师称号、研究生三年制的理工科大学。
1996年进入国家“211工程”首批重点建设高校。1999年被确定为国家首批“985工程”重点建设的9所大学之一。2000年与同根同源的哈尔滨建筑大学合并组建新的哈尔滨工业大学。2017年入选国家“双一流”建设A类高校名单。
三、特色
水木清华，钟灵毓秀，清华大学秉持“自强不息、厚德载物”的校训和“行胜于言”的校风，坚持“中西融汇、古今贯通、文理渗透”的办学风格和“又红又专、全面发展”的培养特色，弘扬“爱国奉献、追求卓越”传统和“人文日新”精神。恰如清华园工字厅内对联所书——“槛外山光，历春夏秋冬、万千变幻，都非凡境；窗中云影，任东西南北、去来澹荡，洵是仙居”。
“规格严格，功夫到家”是20世纪50年代由时任校长的李昌等领导归纳概括而成。 “规格严格，功夫到家”体现了过程管理与目标管理相结合的思想。“规格严格”有两层意思：首先要有“规格”，其次要“严格”遵守。
院士上有些差距，师资有一点点差距。
哈工大几乎是中国最好的工科大学，实力和清华是差不多的。只是民间认可的没有清华高。
我是西工大的，楼上那西交和哈工大比就叫人SB了。北航，西工大，北理工一直都觉得哈工大是大哥大，你又比什么。
和浙大上交，除了地理位置好，科研实力一点不差。本回答被网友采纳
哈工大，是国防类大学，有相当大的几率进体制内。
这就是最大的区别。
可以说国内的国防类大学，都是这样。别看名头没有清华北大响。但实际上却是金饭碗、铁饭碗的摇篮。清华北大就是普通的民间大学。虽然名头特别响，但也就是仅此而已罢了。