在宋代，志磐法师的《佛祖统记》中，除了详细叙述天台宗，还简要提到了禅宗、华严宗、法相宗、密宗和律宗。净土宗虽然没有单独设立宗派，但已将慧远、善导、承远、法照、少康、延寿和省常尊为莲社七祖。宗晓和志磐都是天台宗的学者，宗晓将莲社六祖作为排名，而志磐则提出了七祖的观点（志磐在宗晓的基础上进行了调整，去除了宗赜，增加了承远和永明延寿，后世的排名多依志磐所述）。这种排名主要是为了为净土教提供一个学习的典范。在那个时期，净土宗的称谓还未形成。
到了元朝，东林寺的普度法师鉴于白莲教滥用佛教，便撰写了《莲宗宝鉴》十卷，并著有《庐山复教集》一卷，自称为白莲宗，但并未确立固定的祖师说法，只是在奏文中提到宋高宗时期的子元禅师推广念佛，并撰有白莲忏法，还进入内庭讲解念佛的要旨。从此，净土宗的名称开始普及，但确定祖师的言论还未明确。
直到清朝中期，才开始将莲社七祖与净土宗的名称联系起来，并将明代的莲池大师列为八祖。在清朝的道行和蔽光年间，悟开法师将蕅益大师尊为九祖，省庵大师和彻悟大师分别被定为十祖和十一祖。到了民国时期，印光大师将截流大师视为十祖，省庵大师和彻悟大师相应地成为十一祖和十二祖。印光大师圆寂后，四众弟子将他推为十三祖。这样，净宗十三祖的体系最终确立。
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