港澳通行证办理可以向常住户口所在地县级以上公安机关出入境管理部门申请。窗口办理流程具体如下：
1、申请人通过广东省公安厅出入境管理局提出申请，根据要求提交申请材料；
2、受理民警对申请人进行必要的询问，对申请材料进行审查。如：申请表填写是否完整、清晰，符合要求；申请人交验的相关证件、证明是否真实有效、齐全，符合要求；提交的复印件与原件是否一致；申请人是否具有中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法规定的情形等；
3、对申请材料齐全且符合要求的，应当受理；申请材料不齐全的，应当一次告知申请人需要补正的全部内容；发现疑点的，受理后应及时进行核查；
【法律依据】
《中华人民共和国出境入境管理法》
第九条 中国公民出境入境，应当依法申请办理护照或者其他旅行证件。 中国公民前往其他国家或者地区，还需要取得前往国签证或者其他入境许可证明。但是，中国政府与其他国家政府签订互免签证协议或者公安部、外交部另有规定的除外。 中国公民以海员身份出境入境和在国外船舶上从事工作的，应当依法申请办理海员证。第十二条 中国公民有下列情形之一的，不准出境：
（一）未持有效出境入境证件或者拒绝、逃避接受边防检查的；
（二）被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的；
（三）有未了结的民事案件，人民法院决定不准出境的；
（四）因妨害国（边）境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被其他国家或者地区遣返，未满不准出境规定年限的；
（五）可能危害国家安全和利益，国务院有关主管部门决定不准出境的；
（六）法律、行政法规规定不准出境的其他情形。
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