专项附加扣除申报的方式主要有以下两种：1、通过扣缴义务人申报，就是指职工向担保提交个人的申报信息，单位可以直接从代扣缴软件获得员工报送的专项附加扣除信息，并从中计算出应预扣预缴的税款，最后向税务机关办理全员全额纳税申报；2、综合所得年度自行申报，是用户直接通过个人所得税APP进行申报，直接在次年办理
汇算清缴。
《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》
第四条
享受子女教育、继续教育、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人专项附加扣除的纳税人，自符合条件开始，可以向支付工资、薪金所得的扣缴义务人提供上述专项附加扣除有关信息，由扣缴义务人在预扣预缴税款时，按其在本单位本年可享受的累计扣除额办理扣除；也可以在次年3月1日至6月30日内，向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时扣除。
纳税人同时从两处以上取得工资、薪金所得，并由扣缴义务人办理上述专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，一个纳税年度内，纳税人只能选择从其中一处扣除。
享受大病医疗专项附加扣除的纳税人，由其在次年3月1日至6月30日内，自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时扣除。