提高并统一征收耕地的补偿补助标准。新条例规定，大中型水利水电工程建设征收耕地的，土地补偿费和安置补助费之和为该耕地被征收前三年平均年产值的16倍，如果按照16倍的标准补偿补助，仍不能使移民保持原有生活水平的，经项目审批或者核准部门同意，可以进一步提高标准，即绝大部分水利水电工程移民今后都是统一按照16倍的标准进行补偿补助。
这样规定的主要考虑在于：
1）1999年修订施行的土地管理法规定，建设征收耕地的，土地补偿费标准为耕地被征收前三年平均年产值的6至10倍，安置补助费标准为耕地被征收前三年平均年产值的4至6倍，尚不能使需要安置的农民保持原有生活水平的，经省级人民政府批准，还可以增加安置补助费，但土地补偿费和安置补助费总和最高不得超过30倍。土地管理法的修订，加上经济社会的发展使高速公路、商品房开发等建设项目的征地补偿补助标准有了较大幅度的提高，与之相比，现行条例规定的补偿补助标准偏低。
2）由于现行条例没有规定统一的补偿补助标准，实践中出现了一个工程一个补偿补助标准的问题，甚至同一地区、同一项目补偿补助标准也不统一，引发移民攀比心理，影响了工程建设的顺利进行和社会稳定。
3）在南水北调工程等建设征地中，已经采用了16倍的补偿补助标准，实践证明效果较好，移民基本满意。
新条例按照土地管理法规定的上限提高并统一了补偿补助标准，既有利于维护移民利益，也有利于解决现实中补偿补助不平衡的问题，是对实践成功经验的总结，充分体现了党和政府对移民利益的关心与照顾。