宋高宗选择杭州作为南宋的中央政权所在地，而不是选择南京，确实是一件不太容易让人理解的事情。为什么这么说呢？
要知道，南京自古是龙兴之地。南宋之前，三国时期的东吴，东晋，南北朝时期南朝的宋、齐、梁、陈，五代十国时期的南唐，都曾在这里建都，可以称得上是“七朝古都”。可以说，由于这里文化底蕴深厚，众望所归，地势险峻，是南边政权天然的皇都。而杭州在中国历史上，也就只有五代十国时期的吴越小政权在这里定过都，其历史地位，远远比不上南京。可是为什么，宋高宗却把中央政权所在地设在杭州，而不是大家认为更恰当的南京呢？
一、宋高宗要确保继位的正统性。我们知道，古代的皇帝继位，都是要在大行皇帝的陵前完成的。这样才能体现继位皇帝的正统性。但是宋高宗继位的时候，宋朝的两个皇帝徽宗和钦宗都还活得好好的。这就不得不让人怀疑，宋高宗的继位，是否合法。宋高宗为了强调自己继位合法，确保继位的正统性，因此，他是特意选在 “南京”继位的。注意，这里说的“南京”，可不是我们现在说的南京，而是指北宋的陪都应天府，也就是现在的河南商丘。正是因为宋高宗是在“南京”继位的，他也就比较合法了。
然而，虽然在“南京”应天府继位，但是应天府受到了金军极大的威胁，宋高宗可不能呆在应天府，他只能继续往南逃。逃到南方来以后，什么地方适合安放他的中央政权呢？实际上，什么地方都行，唯独南京不行。为什么呢？北宋本来就有“南京”应天府，你又在这个南边古代的京城当皇帝，难道你是想另建一个国家吗？宋高宗是一定要避免别人这么议论的，所以他选择在杭州。而这个杭州，他也并不称为都城，而只是说它是“行在”，也就是行宫的意思。真正的京城，还是在北边。
二、宋高宗不想背“偏安”的骂名。宋高宗逃到南方后，虽然一直奉行委曲求和的政策。但是，他却又不想背“投降金国”的骂名。不想让人觉得他忘记了金国强占他的祖宗陵寝之地这件事，而在江南这样的温柔乡“偏安”。如果他被认为是“偏安”，那么他肯定得不到大家支持的，得不到大家的拥护。
而且，他百年之后，也无脸去见列祖列宗。也就是说，虽然他实质上是干着投降偏安的事情，但是他不能让别人这么看。他要让人们明白，他和金国议和，只是暂时的，是一个稳定当下局势，避免覆国的最恰当的选择。这并不是他的本意，但是他不得不这样做。
三、宋高宗害怕挑动金国的神经。金国一直高调宣扬要灭掉宋朝。对宋朝的地盘进行反复冲杀，最终逼迫宋高宗不得不多次寻求议和。金国提出的议和条件，最重要的，就是要南宋打击抗金力量，并且要南宋对金国奉表称臣。既然宋高宗是要称臣的，他就不存在皇都。如果宋高宗把他的“行在”放在南京，那么就有做大的嫌疑。而这样做，就会挑动金国的神经，引起金国新一轮的报复。好不容易获得的委曲求全的局面，一下就又丧失掉了。
四、宋高宗为继续逃跑做准备。宋高宗在被金国追打的过程中，可以说吓破了胆。好几次死里逃生，差点就被金国给拿去了。而金国的战马又特别快，旦夕之间就追到南方来了。因此，宋高宗为了确保自己的安全，肯定会选择最容易逃跑的地方。作为南方最好的逃跑路线，肯定是海上。而杭州显然比南京更容易去海上。因此，这也是宋高宗特别考虑的一个因素。（参考资料：《宋史》）