1、根据文件的形成规律和特点的原则。遵循文件的形成规律和特点，保持文件之间的有机联系，区分不同价值。
2、保持文件之间的自然联系的原则。每一种档案门类均反映机关一项或几项工作职能，体现门类划分。
3、适当照顾文件的保存价值的原则，就是根据文件的形成特点，保持文件间的历史联系，适当照顾文件的保存价值。
4、便于保管和利用的原则，是归档文件整理的根本目的,也是衡量归档文件整理质量的重要标准。
档案门类划分原则：
1、科学原则。机关应按照档案自然形成规律划分档案门类，便于更好地认识档案、科学地管理和利用档案。《规定》在确定机关档案门类时，按照档案自然形成规律，将机关档案划分为文书档案、科技档案、人事档案、专业档案等，每一种档案门类均反映机关一项或几项工作职能，体现门类划分的科学原则。
2、明确原则。档案具有多方面的属性。机关划分档案门类时，应根据档案所固有的主要属性提出明确的标准，同时对带有主观性的标准应辅以必要的说明，使划分根据明确可依、门类界限清楚明确。《规定》分6个层次提出机关档案的基本门类，最后明确“第（一）（二）（三）项包含传统载体档案和电子档案两种形式”，解决了以往按照载体划分档案门类时，传统载体档案和电子档案的门类内容相互包含、交叉等问题。
3、扁平原则。多层次的档案门类划分会增加档案管理的复杂性和不确定性。《规定》在划分档案门类时，将档案门类分为2个层级，如将科技档案分为科研档案、基建档案和设备档案。扁平选择简化档案门类的划分层级，减少机关档案管理的复杂度，便于利用信息化手段开展档案开发利用，是“简化整理、深化检索”思想的具体体现。
4、稳定原则。机关档案门类划分涉及档案分类顶层设计，不能轻易变动。档案门类大致有 两类:一类为传统档案门类，如文书档案、科技档案、会计档案、人事档案等；另一类为新兴业务职能、工作方法形成的档案门类，如业务数据档案、社交媒体档案等。划分档案门类应保持其原有的约定性，还应在尊重历史、尊重习惯的原则下对门类划分进行限定，使其更加规范科学。
5、适宜原则。各机关应以《规定》划分的档案门类为基准，依据工作职责和实际工作确定本单位档案门类，不能简单套用《规定》或者其他单位设置的档案门类。如某一专业领域形成的档案数量较少，传统上也是按照文书档案进行管理，可以不单列档案门类，以免增加档案管理的复杂性。
档案门类划分方法：
《规定》分6个层次对机关档案门类进行描述：
1、文书档案、科技档案、人事档案、会计档案。文书档案是各机关反映党务、行政管理等活动的档案。科技档案是反映科学技术研究、生产、基本建设等活动的档案，机关科技档案一般包括基建档案、设备档案和科研档案等子门类。会计档案是反映会计核算过程的档案。人事档案是反映人事管理工作的档案。
2、专业档案。专业档案是机关在履行行业特有职责时形成的档案。各机关可参考国家档案局发布的《国家基本专业档案目录》，并根据本单位工作实际，科学设置专业档案门类。
3、照片档案、录音档案、录像档案。照片档案、录音档案、录像档案是通过影像、声音记录机关履行职责过程的档案，主要包括本机关形成的、收到的和采集的反映本单位职能工作的照片、录音、录像。
4、业务数据档案、公务电子邮件档案、网站信息档案、社交媒体档案。业务数据档案是指机关在履职过程中通过业务系统形成的业务数据库。公务电子邮件档案是指机关在公务活动中产生的并经由电子邮件系统传输的公务电子邮件。网站信息档案是指机关网站发布的网页和机关采集其他网站发布的反映本机关职能工作的网页。社交媒体档案是指机关通过微信、微博等社交媒体平台发布的信息。
5、实物档案。实物档案是指机关形成或收到的反映本单位职能活动的印章、题词、奖牌、奖章、证书、公务礼品等。
6、其他档案。机关性质复杂，情况繁多，《规定》提出的5个层次的档案门类不一定能完全包含机关档案的全部门类，故在最后使用其他档案概括未尽的机关档案门类。
法律依据：
《机关档案管理规定》
第三十二条 机关档案整理应当遵循文件材料的形成规律，保持文件材料之间的有机联系，区分不同价值，便于保管和利用，逐步推进卷件融合管理。文书档案、照片档案、录音档案、录像档案、实物档案一般以件（张）等为单位进行整理。科技档案、人事档案、会计档案一般以卷为单位进行整理。其他门类档案根据需要以卷或件为单位进行整理。整理方法分别按照相应要求执行。
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